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拷贝数芯片分析的一个例子!

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发表于 2017-3-1 17:08:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
数据来源:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE62717
根据每个样本可以下载处理好的segment文件:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM1532009

根据文件列表:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/s ... /suppl/filelist.txt

拼接成下面的URL
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/s ... re_intensity.csv.gz

一个小脚本就好啦!
perl -alne '{print "nohup wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples/".substr($_,0,7)."nnn/".substr($_,0,10)."/suppl/".$_ }' segment_file.list  |bash

下载完的文件用GISTIC跑一遍,看看结果跟paper是不是一样的!



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