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REGENT软件评估个人患病风险

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发表于 2017-3-2 12:03:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
这是一个R的bioconductor包:
介绍该软件的论文见pmid:22669417
题目:REGENT: a risk assessment and classification algorithm for genetic and environmental factors
发表在2013年1月份的Eur J Hum Genet

我需要学一下,直播我的基因组需要用,先放在这里~

它会根据输入的基因型信息和人群表型来,将总体人群分为4个类别,分别是低风险组,平均风险组,较高风险组及高风险组,每组之间的cutoff由软件自动计算~~

需要大样本来建立模型,然后个人的基因检测结果进行评估

代码很简单:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
x=REGENT.model(AnalysisName="test",LocusFile="test_model.txt",cv=0.05)

y=REGENT.predict(AnalysisName="test",ind="sample_input.txt",model="test.txt")

你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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