搜索
查看: 2464|回复: 0

a biologist friendly web based genomics analysis and visualization application

[复制链接]

634

主题

1182

帖子

4030

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
4030
发表于 2017-3-3 15:25:29 | 显示全部楼层 |阅读模式
主页很丑:http://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi
菜单按钮一大堆,让人根本不知道如何下手~

两百多页的说明书,我对这个工具无语了:http://hgserver1.amc.nl/r2/help/r2_tutorials.pdf
搞这么复杂,不知道有没有人去用,还不如花点时间自己学生物信息学了!

居然还号称: a biologist friendly web based genomics analysis and visualization application developed by Jan Koster at the department of Oncogenomics in the Academic Medical Center (AMC) Amsterdam, the Netherlands. You can start exploring the gene expression data by following the numbered options in the center.For citations, please include the following webcite: 'R2: Genomics Analysis and Visualization Platform (http://r2.amc.nl)'.

1 Preface 3
2 Using Datasets 5
2.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.2 Step 1: Selecting a dataset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.3 Step 2: Advanced selection of datasets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.4 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
3 One Gene View 11
3.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.2 Step 1: Selecting a gene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.3 Step 2: Probesets for a gene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.4 Step 3: Plotting Gene expression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.5 Step 4: Probeset verification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3.6 Step 5: TranscriptView . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3.7 Step 6: Adapting plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.8 Step 7: View a gene in groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
3.9 Step 8: Find best track separation with CliniSnitch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.10 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4 Multiple Genes View 25
4.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.2 Step 1: Viewing multiple genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.3 Step 2: Viewing multiple genes through track annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
4.4 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
5 Annotation analyses 29
5.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
5.2 Step 1: Relating 2 (categorical) tracks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
5.3 Step 2: Relating 2 (numerical) tracks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
5.4 Step 3: Relating a categorical track to a numerical track . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
5.5 Step 4: Annotation plotter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
5.6 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
6 Differential expression of genes in your dataset 35
6.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
6.2 Step 1: Selecting data and gene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
6.3 Step 2: Choose annotation track as grouping variable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
6.4 Step 3: Defining groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
6.5 Step 4: Anova results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
6.6 Step 5: Adapting plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
6.7 Step 6: Finding all differentially expressed genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.8 Step 7: Setting parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
i
6.9 Step 8: Inspecting single gene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
6.10 Step 9: Adapting visualization: Volcano plot etc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
6.11 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
7 Find genes correlating with your gene of interest 53
7.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
7.2 Step 1: Selecting data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
7.3 Step 2: Verifying settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
7.4 Step 3: Inspecting correlating genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
7.5 Step 4: Inspecting correlation between specific genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
7.6 Step 5: Relation with Chromosome position . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
7.7 Step 6: Establishing overrepresentation in other domains . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
7.8 Step 7: Gene list in pathway context . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
7.9 Step 8: Further pathways analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
7.10 Step 9: Gene set analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
7.11 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
8 Working with Kaplan Meier 69
8.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
8.2 Step 1: Selecting the Kaplan Meier module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
8.3 Step 2: Adapting Kaplan Meier settings; the Kaplan scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
8.4 Step 3: Kaplan scan for a group of genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
8.5 Step 4: Kaplan scan on your own cohort . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
8.6 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
9 Pathway Finder 77
9.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
9.2 Step 1: Selecting data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
9.3 Step 2: Choose the right gene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
9.4 Step 3: Correlating pathways with a gene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
9.5 Step 4: Finding pathways relevant in groups of genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
9.6 Step 5: Relating to data annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
9.7 Step 6: Determining differentially expressed pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
9.8 Step 7: Verifying a pathway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
9.9 Step 8: Correlating with the expression of a gene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
9.10 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
10 Multiple datasets overview with Megasampler 85
10.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
10.2 Step 1: Selecting multiple datasets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
10.3 Step 2: Viewing a gene in multiple datasets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
10.4 Step 3: Expression distribution over many datasets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
10.5 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
11 K-means clustering in R2 93
11.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
11.2 Step 1: Selecting data and module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
11.3 Step 2: Adapting settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
11.4 Step 3: Examining resulting clusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
11.5 Step 4: Creating consistent clusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
11.6 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
12 Using signatures 101
12.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
12.2 Step 1: Creating a geneset signature; a category within R2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
12.3 Step 2: Determine the activity of a signature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
12.4 Step 3: Using signature scores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
13 Analysing Time Series 107
ii
13.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
13.2 Step 1: Choosing the time series module and data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
13.3 Step 2: Finding regulated genes in a time series experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
13.4 Step 3: Using the regulated genes in further analyses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
13.5 Step 4: In a K-means analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
13.6 Step 5: Correlate with other datasets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
13.7 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
14 Using and Creating genesets in R2 119
14.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
14.2 Step 1: Selecting data and modules; creating a Heatmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
14.3 Step 2: Using multiple GeneSets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
14.4 Step 3: Relating genesets with data annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
14.5 Step 4: Unsupervised hierarchical clusterin with a geneset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
14.6 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
15 Principle Components Analysis in R2 129
15.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
15.2 Step 1: Selecting data and modules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
15.3 Step 2: Exploring the principle components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
15.4 Step 3: Viewing clusters in 3D . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
15.5 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
16 Using the R2-Genome browser 135
16.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
16.2 Step 1: Exploring the genome browser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
16.3 Step 2: Zooming and panning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
16.4 Step 3: Looking up chromosome regions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
16.5 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
17 Integrative analysis: ChIP-Seq data 141
17.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
17.2 Some concepts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
17.3 Step 1: Choosing data and modules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
17.4 Step 2: Exploring genes in a transcriptional context . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
17.5 Step 3: Exploring histone modification patterns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
17.6 Step 4: Finding active super-enhancers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
17.7 Final remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
18 Integrative Analysis : Across Platforms 153
18.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
18.2 Step 1: Choosing a combined dataset. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
18.3 Step 2: Correlate two datatypes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
19 Integrative Analysis : WGS/NGS data 161
19.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
19.2 Step 1: View circos files. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
20 Adapting R2 to your needs 167
20.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
20.2 Step 1: Adapt your settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
20.3 Step 2: Upload your data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
20.4 Step 3: Create your own genesets; a.k.a. categories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
20.5 Step 4: Tracks in R2: create your own data annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
20.6 Step 5: Upload your own tracks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
20.7 Step 6: Cooperate through R2: sharing tracks, creating communities . . . . . . . . . . . . . . . . 187
20.8 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
21 Exporting data 193
iii
21.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
21.2 Step 1: Using Data Grabber . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
21.3 Step 2: Other formats: TMEV, tab separated, etc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
21.4 Final remarks / future directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195
22 R2 Dataset Addition 197
22.1 Scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
22.2 What to prepare when you would like to have a dataset added . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
22.3 Who can add datasets to R2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
22.4 Addition of a public dataset from the GEO database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
22.5 Addition of personal datasets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
22.6 Access levels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
22.7 Preparing the expression data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
22.8 Preparing the gene annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
22.9 Preparing the sample annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
22.10 Describing your dataset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200



上一篇:只要是按照primary site来定义的肿瘤都是可以进行分子分型
下一篇:癌症和肥胖的关系?
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-10-18 17:51 , Processed in 0.030495 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.