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多个芯片数据整合分析-跨平台!

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发表于 2017-3-3 15:48:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
我不推荐这样做,但是总是有人问这个问题,我就给个例子吧,反正就是纯粹的灌水而已!
这篇文章:http://diagnosticpathology.biome ... 6/s13000-016-0596-x
A transcriptome profile in hepatocellular carcinomas based on integrated analysis of microarray studies
整合了7个芯片数据,如下:
没什么特殊的统计方法:
We selected the Z-score transformation method to normalize raw data from different platforms.

参考的是:Yang Z, Chen Y, Fu Y, Yang Y, Zhang Y, Li D. Meta-analysis of differentially expressed genes in osteosarcoma based on gene expression data. BMC Med Genet. 2014;15:80. 里面的整合方法

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发表于 2017-6-19 11:45:42 | 显示全部楼层
我觉得你就是神人,无处不在,感谢分享,常来玩哦
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发表于 2017-8-9 17:14:32 | 显示全部楼层
请问这篇文章脚本或者类似的脚本哪里可以找到吗?
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发表于 2018-4-10 16:37:22 | 显示全部楼层
这个灌得太过分了。我看了下文章,直接就把各个平台的芯片数据挑出自己需要的部分,强行整合到一起进行分析。且不说整合不同芯片需要考虑批次效应,而且不同平台的并不能放在一起同时分析。
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