在进行差异分析时要不要进行Filtering data这一步

siyuan

咨询一个问题：

昨天在看一篇芯片数据处理教程的时候，作者用的是Simpleaffy这个包，他在Finding differentially expressed probesets这步之前增加了一步：Filtering data（用的是nsFilter这个函数，他给的解释是用这个函数过滤掉没有信息的数据，包括控制探针以及低方差的基因等），从结果看有2万多探针被移除。之前在数据处理时直接就是进行差异分析，没有进行数据过滤这一步。大家觉得有没有必要加入这一步？

教程地址：

[size=18.6667px]http://bioinformatics.knowledgeblog.org/2011/06/20/analysing-microarray-data-in-bioconductor/

Jimmy

你这个问题，其实没有肯定答案，因为这只是数据分析的方法，我只能告诉你均可！
其实你可以看看两个方法最后找到的差异基因的区别，以及找到的差异基因注释的通路的区别，或者其它你关心的生物学现象

siyuan

你说的对，从他给的说明来看，他去掉的是控制探针和低表达的探针，对于控制探针来说，它们在各个样本之间应该是表达相似的，不应该考虑到后续的功能分析中。明天把两个方法比较一下，看看差别。
，谢谢你！