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对LNCS计划的gene list做go和KEGG的富集分析

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发表于 2016-9-5 20:27:42 | 显示全部楼层 |阅读模式
LINCS计划的全称是,是有broad研究所发起的,主要是为了量化各种药物作用下的细胞系的,特定的1000多个基因的表达量的变化,Broad named it as
Connectivity map –they have a software to deal with this data.
I tried a little bit with the online tools but fail to find a case in which it will be directly very helpful.
One paper: Liu, J. L. et al. Treatment of obesity with celastrol. Cell 161, 999–1011 (2015) FYI.
这是一个非常巨大的计划,所有的原始表达量数据文件都可以在GEO数据库下载到: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE70138
是定制化的芯片:The platform is GPL20573: Broad Institute Human L1000 epsilon
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL20573点击进入芯片的GEO主页可以得知该芯片只测了1000多个基因,现在我们的任务就对这1000多个基因的gene list做go和KEGG的富集分析!!!

go和KEGG的富集分析是非常常见的需求,就是对给定的gene list(一般是差异基因列表) 去指定的数据库里面做统计学建议

所有数据均可下载:https://panoramaweb.org/labkey/project/LINCS/begin.view
The data at each stage of the pre-processing are available:
Level 1 (LXB) - raw, unprocessed flow cytometry data from Luminex scanners. (One LXB file is generated for each well of a 384-well plate, and each file contains a fluorescence intensity value for every observed analyte in the well.)
Level 2 (GEX) - gene expression values per 1,000 genes after deconvolution from Luminex beads.
Level 3 (Q2NORM) - gene expression profiles of both directly measured landmark transcripts plus inferred genes. Normalized using invariant set scaling followed by quantile normalization.
Level 4 (Z-SCORES) - signatures with differentially expressed genes computed by robust z-scores for each profile relative to control (PC relative to plate population as control; VC relative to vehicle control)







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 楼主| 发表于 2016-9-5 20:32:07 | 显示全部楼层
进入http://www.lincscloud.org/l1000/也可以找到该基因list
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发表于 2016-9-7 16:28:13 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-9-5 20:32
进入http://www.lincscloud.org/l1000/也可以找到该基因list

我打开链接说错误
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 楼主| 发表于 2016-9-7 16:53:51 | 显示全部楼层
Panda姐 发表于 2016-9-7 16:28
我打开链接说错误

明白了,直接打开root域名吧:http://www.lincscloud.org/ 它们好像在改版现在
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发表于 2016-11-2 17:00:37 | 显示全部楼层
好像很神奇
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