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[expression-profile] 关于limma包中model.matrix()的问题

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发表于 2017-3-5 09:10:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问 用limma包 构建实验矩阵时  
model.matrix(~group)
model.matrix(~0+group)
model.matrix(~-1+group)
三种方法有何不同?我看了limma的guide,前两种好像是什么系数不一样(其实还是不明白),但第三种是什么意思?谢谢啦!
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发表于 2017-3-5 09:15:36 | 显示全部楼层
你只需要去理解https://github.com/bioconductor- ... er/makeContrasts.md 即可
理解model.matrix这个函数做了什么,这个model.matrix函数返回的design矩阵被limma拿来干嘛了。

这只是别人无聊的定义,你为什么要弄清楚呢?
学东西要学重点,什么是差异分析才是你需要明白的~
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-3-5 09:24:13 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-3-5 09:15
你只需要去理解https://github.com/bioconductor-china/basic/blob/master/makeContrasts.md 即可
理解mode ...

好贴啊 太感谢了!
有时候是容易钻进去出不来 哈哈
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