搜索
查看: 1962|回复: 1

[coding] fasta文件中计算每条序列的长(perl)

[复制链接]

1

主题

1

帖子

42

积分

新手上路

Rank: 1

积分
42
发表于 2017-3-6 10:39:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
参考别人的脚本,练习的第一个脚本编辑,计算每条基因序列的长,但怎么也不对,其中不是很理解unless存在的意义。希望大神能指点迷津。
备注:我把fasta文件保存在perl下,是否还需要添加路径?实在不是很理解文件句柄是什么?
#!usr/bin/perl -w
use strict;
unless(my @ARGA==2){
die"Usage:perl $0<input.fa><out.len>\n";
}
(my $b17,my $b17len)=my @ARGA;
open IN,"C:\Perl\$b17"||die "can't open infileb17 ";
open OUT,">$b17len"||die $!;
$/=">";
<IN>;
while( my $seq=<IN>){
my $id=$1 if(my $seq=~/^(\S+)/);
chomp my $seq;
my $seq=~s/^.+?\n//;
my $seq=~s/\s//g;
my $len=length(my $seq);
print OUT"$id$len\n";
}
$/="\n";
close IN;
close OUT;

回复

使用道具 举报

634

主题

1182

帖子

4030

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
4030
发表于 2017-3-6 14:47:23 | 显示全部楼层
首先,你这个代码要高亮,其次,你发错地方了,我已经给你搬到了QA版块,最后,文件句柄不懂,你就去搜索,慢慢理解,再看看视频
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-9-22 00:17 , Processed in 0.048565 second(s), 23 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.