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[software] GO和KEGG富集的R包clusterProfiler

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发表于 2017-3-6 11:09:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 学习最快乐 于 2017-3-6 11:12 编辑

转录组-GOKEGG富集的RclusterProfiler
表示这个包真的好用,画出来的图挺好看的。
注意有以下几点:
GO富集写成下面这样:
[Python] 纯文本查看 复制代码
#没有organism="human",改为OrgDb=org.Hs.eg.db,就不会有问题啦~~~
ego_cc <- enrichGO(gene = gene,
                   OrgDb=org.Hs.eg.db,
                   ont = "CC",
                   pAdjustMethod = "BH",
                   minGSSize = 1,
                   pvalueCutoff = 0.01,
                   qvalueCutoff = 0.01,
                   readable = TRUE)
write.table(as.data.frame( ego_CC@result), file="test_CC.txt")
#KEGG又不一样,它就可以用
kk <- enrichKEGG(gene = gene, organism ="human",
                 organism ="human",
                 pvalueCutoff = 0.01,
                 qvalueCutoff = 0.01,
                 minGSSize = 1,
                 #readable = TRUE ,
                 use_internal_data =FALSE)
write.table(as.data.frame(kk@result), file="test_kk.txt")
#具体的参数在R中?或者help(),讲的巨清楚。
#结果就是[url=http://www.bio-info-trainee.com/370.html]http://www.bio-info-trainee.com/370.html[/url]那样的。
#但是当excel 打开有点错行,(我的错行)。改一改第一行不麻烦。
#画图:
barplot(ego_CC, showCategory=15,title="EnrichmentGO_CC")#条状图,按p从小到大排的
dotplot(ego_BP,title="EnrichmentGO_CC_dot")#点图,按富集的数从大到小的
####大家可以运行下试试,比单调的条形图好很多,这个也是R

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发表于 2017-3-17 10:40:05 | 显示全部楼层
现在clusterProfile提供的OrgDb有点少,如果我的物种不在此列中,该怎么办呢??
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 楼主| 发表于 2017-3-18 11:00:14 | 显示全部楼层
回首默然 发表于 2017-3-17 10:40
现在clusterProfile提供的OrgDb有点少,如果我的物种不在此列中,该怎么办呢?? ...

你也可以用org包的。也有专门的kegg  go包哦
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发表于 2017-3-21 09:34:18 | 显示全部楼层
能具体说明一下是什么包吗?
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 楼主| 发表于 2017-3-22 16:01:52 | 显示全部楼层
回首默然 发表于 2017-3-21 09:34
能具体说明一下是什么包吗?

不好意思,我理解错了你的意思,我只做人类的。你可以试试DAVID(直接百度,他是一个在线分析工具),我用的只是人类的。真的很不好意思
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发表于 2017-3-23 21:33:20 | 显示全部楼层
你的gene list是什么格式的
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 楼主| 发表于 2017-3-28 08:25:26 | 显示全部楼层
qians 发表于 2017-3-23 21:33
你的gene list是什么格式的

就是一列gene symbol
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发表于 2017-4-3 15:35:58 | 显示全部楼层
怎么看OrgDB啊
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发表于 2017-4-5 20:51:29 | 显示全部楼层
请问如果你的gene是两列呢?每一列都是一个不同的样本,目的是比较差异,该怎么做?
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 楼主| 发表于 2017-4-5 21:40:45 | 显示全部楼层
gxue 发表于 2017-4-5 20:51
请问如果你的gene是两列呢?每一列都是一个不同的样本,目的是比较差异,该怎么做? ...

比较什么差异??GO?kegg?
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