GO和KEGG富集的R包clusterProfiler

Lokman

回首默然 发表于 2017-3-17 10:40
现在clusterProfile提供的OrgDb有点少，如果我的物种不在此列中，该怎么办呢？？ ...

可以看看Y叔写的这个 http://guangchuangyu.github.io/2 ... ng-clusterprofiler/

zhongguoren2016

回首默然 发表于 2017-3-17 10:40
现在clusterProfile提供的OrgDb有点少，如果我的物种不在此列中，该怎么办呢？？ ...

这个包中有个buildGOmap函数，可以将你自己的物种的GO注释建成类似OrgDb的库，但KEGG的自建库函数我没看到。

xotong

enrichKEGG中的gene输入的是什么格式的数据啊？怎么不用指定ID类型呢?我直接用gene symbol怎么不行

学习最快乐

xotong 发表于 2017-7-25 12:17
enrichKEGG中的gene输入的是什么格式的数据啊？怎么不用指定ID类型呢?我直接用gene symbol怎么不行 ...

我的就是直接是gene symbol

xotong

我输入gene symbol，却是这样子的

学习最快乐

xotong 发表于 2017-7-26 11:31
我输入gene symbol，却是这样子的

gene<-t(gene)
gene<-as.factor(gene)
entrez<-gene

Nozomi

请问clusterProfiler的时候 导入的gene list要是什么形式的啊，基因符号？ GO 序号，还是其他什么号码？可以兼容什么形式呢？

Nozomi

请大神帮忙看下代码

[AppleScript] 纯文本查看 复制代码

require(DOSE)
require(clusterProfiler)
require(org.EcK12.eg.db)
gene1 <-as.character(a[,2],na.omit =TRUE)
ego<-enrichGO(gene = gene1, OrgDb = "org.EcK12.eg.db",ont = "CC",pvalueCutoff = 0.05,readable = TRUE)
#ekk<-enrichKEGG(gene = gene,organism = "eco",pvalueCutoff = 0.05)
write.csv(as.data.frame(ego),file = "test1.csv")

这个写出来的ego是空白，为什么呢

学习最快乐

Nozomi 发表于 2017-11-1 11:35
请问clusterProfiler的时候 导入的gene list要是什么形式的啊，基因符号？ GO 序号，还是其他什么号码？可 ...

是ensembl id ，就是一些数字

月野兔Pro

我想请问以下 genelist 里面是什么内容？我的差异基因文件是 ID（ENSG+数字）、logFC、P值
然后用以下代码：
RT=read.table("差异基因.txt",header=FALSE)
neeed <- RT[2:112,]#提取第2-112行内容
geneList = as.character(neeed[,1])
head(geneList)
require(DOSE)
require(clusterProfiler)
ego <- enrichGO(gene=geneList,OrgDb="org.Hs.eg.db",ont="MF",pvalueCutoff=0.05,qvalueCutoff = 0.2,readable=TRUE)
然后的出来       No gene can be mapped....--> Expected input gene ID: 79796,221078,83939,80235,54974,8818
--> return NULL...
   刚入门生信，望大佬指点一哈