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楼主: 学习最快乐

[software] GO和KEGG富集的R包clusterProfiler

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发表于 2017-4-6 15:24:20 | 显示全部楼层
回首默然 发表于 2017-3-17 10:40
现在clusterProfile提供的OrgDb有点少,如果我的物种不在此列中,该怎么办呢?? ...

可以看看Y叔写的这个 http://guangchuangyu.github.io/2 ... ng-clusterprofiler/
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发表于 2017-6-29 18:34:18 | 显示全部楼层
回首默然 发表于 2017-3-17 10:40
现在clusterProfile提供的OrgDb有点少,如果我的物种不在此列中,该怎么办呢?? ...

这个包中有个buildGOmap函数,可以将你自己的物种的GO注释建成类似OrgDb的库,但KEGG的自建库函数我没看到。
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发表于 2017-7-25 12:17:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 xotong 于 2017-7-25 12:29 编辑

enrichKEGG中的gene输入的是什么格式的数据啊?怎么不用指定ID类型呢?我直接用gene symbol怎么不行
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 楼主| 发表于 2017-7-25 21:52:29 | 显示全部楼层
xotong 发表于 2017-7-25 12:17
enrichKEGG中的gene输入的是什么格式的数据啊?怎么不用指定ID类型呢?我直接用gene symbol怎么不行 ...

我的就是直接是gene symbol
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发表于 2017-7-26 11:31:23 | 显示全部楼层

我输入gene symbol,却是这样子的

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 楼主| 发表于 2017-7-27 20:50:35 | 显示全部楼层
xotong 发表于 2017-7-26 11:31
我输入gene symbol,却是这样子的

gene<-t(gene)
gene<-as.factor(gene)
entrez<-gene
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发表于 2017-11-1 11:35:50 | 显示全部楼层
请问clusterProfiler的时候 导入的gene list要是什么形式的啊,基因符号? GO 序号,还是其他什么号码?可以兼容什么形式呢?
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发表于 2017-11-1 12:44:10 | 显示全部楼层
请大神帮忙看下代码
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
require(DOSE)
require(clusterProfiler)
require(org.EcK12.eg.db)
gene1 <-as.character(a[,2],na.omit =TRUE)
ego<-enrichGO(gene = gene1, OrgDb = "org.EcK12.eg.db",ont = "CC",pvalueCutoff = 0.05,readable = TRUE)
#ekk<-enrichKEGG(gene = gene,organism = "eco",pvalueCutoff = 0.05)
write.csv(as.data.frame(ego),file = "test1.csv")



这个写出来的ego是空白,为什么呢
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 楼主| 发表于 2017-11-2 09:55:34 | 显示全部楼层
Nozomi 发表于 2017-11-1 11:35
请问clusterProfiler的时候 导入的gene list要是什么形式的啊,基因符号? GO 序号,还是其他什么号码?可 ...

是ensembl id ,就是一些数字
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发表于 2018-1-19 00:17:37 | 显示全部楼层
我想请问以下 genelist 里面是什么内容?我的差异基因文件是 ID(ENSG+数字)、logFC、P值
然后用以下代码:
RT=read.table("差异基因.txt",header=FALSE)
neeed <- RT[2:112,]#提取第2-112行内容
geneList = as.character(neeed[,1])
head(geneList)
require(DOSE)
require(clusterProfiler)
ego <- enrichGO(gene=geneList,OrgDb="org.Hs.eg.db",ont="MF",pvalueCutoff=0.05,qvalueCutoff = 0.2,readable=TRUE)
然后的出来       No gene can be mapped....--> Expected input gene ID: 79796,221078,83939,80235,54974,8818
--> return NULL...
   刚入门生信,望大佬指点一哈

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