GO和KEGG富集的R包clusterProfiler

anlan · 发表于 2018-1-20 16:04:36

月野兔Pro 发表于 2018-1-19 00:17
我想请问以下 genelist 里面是什么内容？我的差异基因文件是 ID（ENSG+数字）、logFC、P值
然后用以下代码 ...

你的ID是ENSEMBL ID，理论上是可以实现的，你的enrichGO函数下加个keytype = "ENSEMBL"参数试试

elaine2017 · 发表于 2018-1-23 14:08:31

楼主，一定要用entre ID 吗

elaine2017 · 发表于 2018-1-23 18:52:06

我的gene list就是一列entre ID，跑出来的结果是空的，这是为什么啊，是不是因为没有指定背景基因？

平凡但不平庸 · 发表于 2018-1-24 20:19:52

elaine2017 发表于 2018-1-23 18:52
我的gene list就是一列entre ID，跑出来的结果是空的，这是为什么啊，是不是因为没有指定背景基因？ ...

我最近研究了两天这个R包，终于弄懂了，具体你可以qq952186197，咱俩私聊

tuanzi · 发表于 2018-5-10 21:33:41

您好，请问如果是对WGCNA的分组数据进行go分析，最后得到的是模块的富集结果，请问该怎么在gene list中表示？

尚目目 · 发表于 2018-5-11 20:06:10

为什么问问题就是不看一下包说明呢？感觉你们问的包文档都有。

arronj · 发表于 2018-5-26 16:00:07

直接用symbol 得的结果是空啊，[url=]图片[/url]
我看说明文档里示例中gene 是 entrez_id，，然后我转换成entrez_id就能得到结果了。楼主怎么实现的

lz13215962853 · 发表于 2018-6-14 11:04:07

arronj 发表于 2018-5-26 16:00
直接用symbol 得的结果是空啊，图片
我看说明文档里示例中gene 是 entrez_id，，然后我转换成entrez_id就能 ...

很简单啊，这个函数已经提示了，kegg要求输入的就是id而不是symbol，另外GO和KEGG还是都推荐用id，symbol会有大小写或者别名之类的问题，转化成id就比较清楚了，官方也不推荐用symbol

YBY · 发表于 2020-2-25 15:16:33

本帖最后由 YBY 于 2020-2-25 15:31 编辑

C:\Users\lenovo\Desktop\0.jpg
为什么我将基因名转换成了ENTREZID还是不能进行通路富集呢?
奇怪的是GO分析可以，KEGG分析就不行，显示NO genes can be mapped

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