搜索
123
返回列表 发新帖
楼主: 学习最快乐

[software] GO和KEGG富集的R包clusterProfiler

[复制链接]

29

主题

131

帖子

1208

积分

金牌会员

Rank: 6Rank: 6

积分
1208
发表于 2018-1-20 16:04:36 | 显示全部楼层
月野兔Pro 发表于 2018-1-19 00:17
我想请问以下 genelist 里面是什么内容?我的差异基因文件是 ID(ENSG+数字)、logFC、P值
然后用以下代码 ...

你的ID是ENSEMBL ID,理论上是可以实现的,你的enrichGO函数下加个keytype = "ENSEMBL"参数试试
回复 支持 反对

使用道具 举报

13

主题

44

帖子

500

积分

高级会员

Rank: 4

积分
500
发表于 2018-1-23 14:08:31 | 显示全部楼层
楼主,一定要用entre ID 吗
回复 支持 反对

使用道具 举报

13

主题

44

帖子

500

积分

高级会员

Rank: 4

积分
500
发表于 2018-1-23 18:52:06 | 显示全部楼层
我的gene list就是一列entre ID,跑出来的结果是空的,这是为什么啊,是不是因为没有指定背景基因?
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

3

帖子

85

积分

注册会员

Rank: 2

积分
85
发表于 2018-1-24 20:19:52 | 显示全部楼层
elaine2017 发表于 2018-1-23 18:52
我的gene list就是一列entre ID,跑出来的结果是空的,这是为什么啊,是不是因为没有指定背景基因? ...

我最近研究了两天这个R包,终于弄懂了,具体你可以qq952186197,咱俩私聊
回复 支持 反对

使用道具 举报

1

主题

3

帖子

32

积分

新手上路

Rank: 1

积分
32
发表于 2018-5-10 21:33:41 | 显示全部楼层
您好,请问如果是对WGCNA的分组数据进行go分析,最后得到的是模块的富集结果,请问该怎么在gene list中表示?
回复 支持 反对

使用道具 举报

2

主题

52

帖子

472

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
472
发表于 2018-5-11 20:06:10 | 显示全部楼层
为什么问问题就是不看一下包说明呢?感觉你们问的包文档都有。
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

1

帖子

41

积分

新手上路

Rank: 1

积分
41
发表于 2018-5-26 16:00:07 | 显示全部楼层
直接用symbol 得的结果是空啊,[url=]图片[/url]
我看说明文档里示例中gene 是 entrez_id,,然后我转换成entrez_id就能得到结果了。楼主怎么实现的

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复 支持 反对

使用道具 举报

1

主题

5

帖子

108

积分

注册会员

Rank: 2

积分
108
发表于 2018-6-14 11:04:07 | 显示全部楼层
arronj 发表于 2018-5-26 16:00
直接用symbol 得的结果是空啊,图片
我看说明文档里示例中gene 是 entrez_id,,然后我转换成entrez_id就能 ...

很简单啊,这个函数已经提示了,kegg要求输入的就是id而不是symbol,另外GO和KEGG还是都推荐用id,symbol会有大小写或者别名之类的问题,转化成id就比较清楚了,官方也不推荐用symbol
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2019-4-24 21:06 , Processed in 0.036183 second(s), 21 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.