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Zinc fingers家族包罗万象呀

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发表于 2017-3-6 15:01:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
生物学基础真心不好学,想哭~~~
看了看转录组测序的表达矩阵,发现带有Zinc fingers名字的基因表达量都尚可,而且一大把,粗略看了看在GENCODE V25版本里面就有800多个~~~
这些东西,太多了,以至于他们的差异分析之间的关联该怎么做,是一件很复杂的事情。

在HUGO里面:http://www.genenames.org/genefamilies/ZNF
在PFAM里面:http://pfam.xfam.org/family/PF00096
在UNIPOT里面:http://www.uniprot.org/help/zn_fing

还有一些实验室为它单独建立数据库:
2009;https://bmcgenomics.biomedcentra ... 86/1471-2164-10-421
2013;https://academic.oup.com/nar/art ... 2-0-a-comprehensive
他们建立的数据库是:
http://web.iitd.ac.in/~sundar/zifbase.
ZiFDB (Zinc Finger Database, http://zifdb.msi.umn.edu) is a web-accessible database that houses information on individual C2H2 zinc fingers (ZFs) and engineered zinc finger arrays (ZFAs).










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 楼主| 发表于 2017-3-6 15:05:54 | 显示全部楼层
锌指蛋白是指含有通过结合Zn2+稳定的短的可以自我折叠形成“手指”结构的一类蛋白质。
通常由一系列锌指组成。 具有重复结构的氨基酸模式,相隔特定距离的胱氨酸结合锌指,能与某些RNA/DNA 结合。
由于其自身的结构特点 ,可以选择性的结合特异的靶结构 ,使锌指蛋白在基因的表达调控、细胞分化、胚胎发育等生命过程中发挥重要作用。
锌指蛋白是一类具有手指状结构域的转录因子,对基因调控起重要的作用。根据其保守结构域的不同,可将锌指蛋白主要分为C2H2型、C4型和C6型。锌指通过与靶分子DNA、RNA、DNA-RNA的序列特异性结合,以及与自身或其他锌指蛋白的结合,在转录和翻译水平上调控基因的表达。
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 楼主| 发表于 2017-3-6 15:06:38 | 显示全部楼层
1. 定义:锌指蛋白(zinc finger protein)是哺乳动物细胞内含量最丰富的蛋白质模体(motif),是各种特异性DNA结合蛋白质中最大的一个类别。具统计大约有2%的人类基因(700至900个)编码锌指蛋白。这些锌指蛋白与真核基因的表达调控密切相关。锌指蛋白最早由诺贝尔奖获得者Klug和同事在爪蟾转录因子IIIA (TFIIIA)蛋白质中首先发现的。


2. 分类:根据锌指结构和功能不同,大致将其分为九大类

3. 作用:

    1. 对DNA靶序列的识别

    2. 与RNA相互作用

    3. 与DNA-RNA杂交双链分子特异性结合。

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 楼主| 发表于 2017-3-6 15:07:23 | 显示全部楼层
锌是众所周知的一种微量元素,人对锌的需求量虽然远远比铁,钙,钾,钠等元素要少,但缺锌会引起一系列疾病,比如食欲不振、生长停滞、嗅觉迟钝、性功能发育不全等。锌是在铁之后第二大存在于生物体内的过渡金属元素,所谓过渡金属就是在元素周期表中位于D区的一系列金属元素,他们的可变价态比较多,可以与数量不同的配体形成稳定的配合体,这也是铁,锌,钴等过渡元素被蛋白质选择使用的一个重要的原因,因此常常是很多酶的活性位点的必须成分,锌常常会以锌指蛋白的形式参与体内基因表达,维持蛋白质和核酸的结构,细胞内分子运输和免疫等的任务。现在已经发现近300种酶都有需要锌的参与才能行使功能。比如说过氧化物酶,有一个直接接触的锌结合位点,如果用螯合剂抢走锌就会使蛋白质完全失去作用。



因为最初发现的锌指蛋白(zink finger)长得像手指,很多人认为像手指一样的蛋白才应该叫锌指蛋白,但现在这个定义早已被不断发现的同类蛋白质给扩大化了。锌指蛋白一般指的是所有需要结合锌才能正常行使功能的一类蛋白质。锌指蛋白没有固定的结构和作用,他们一般在调控基因表达,稳定结构方面发挥作用。



锌指蛋白的覆盖范围很广,国际系统分类法把现有的酶分为六种:



氧化还原酶类(oxidoreductase)

转移酶类(transferases)

水解酶类(hydrolases )

裂解酶类(lyases)

异构酶类(isomerases)

合成酶类(ligase)



锌指蛋白涵盖了所有六种酶类,而且在动物,植物,细菌和病毒中都有锌指蛋白,就像人类会用火一样,大自然在很早以前就会使用锌了。



锌指蛋白的活性位点可以被按照结构上的差别分为很多类,但是从序列上来看,绝大多数的锌指蛋白配体都是大同小异。如果按结构分类的话,可以被粗略地分为八种,C2H2,关节型,高音谱号型等等,都分别由一到四个螺旋,折叠,甚至是无规则的环组成,这些活性位点的结构虽然各异,但在序列上有非常保守的地方,最保守的几个氨基酸也就是与锌形成配位键的几个氨基酸。在现有的知识里,只有四种氨基酸可以有强力结合锌的能力,在统计上来看,与锌结合最多氨基酸残基按顺序应当是HIS的咪唑基,glu和asp的羧基,cys的巯基,在很多情况下锌和可以和周围的水分子形成配位键。除了这些之外,ser, thr, lys 和trp也可以用羰基来微弱地结合锌离子。
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