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生物信息学这样入门可好?

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发表于 2016-9-5 21:01:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
如果要学习生物信息:
首先看 5 篇综述 并翻译: WES/RNA-seq/CHIP-seq/miRNA-seq/lncRNA-seq
Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP-seq Data : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3828144/
A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data  : http://bib.oxfordjournals.org/content/15/2/256.short
A survey of best practices for RNA-seq data analysis :  http://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8
Online resources for miRNA analysis  : http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009912013000994
Long non-coding RNA discovery pipeline : http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0025915

然后看5篇测序数据分析例子:
miRNA-seq :  
RNA expression profiling of human iPSC-derived cardiomyocytes in a cardiac hypertrophy model.  : http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0108051
CHIP-seq  :  
CARM1 Methylates Chromatin Remodeling Factor BAF155 to Enhance Tumor Progression and Metastasis http://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(13)00536-9
WES :  
Clinical Whole-Exome Sequencing for the Diagnosis of Mendelian Disorders  http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1306555#t=article
LncRNA:
Integration of Genome-wide Approaches Identifies lncRNAs of Adult Neural Stem Cells and Their Progeny In Vivo  http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590913000982
RNA-seq:
RNA-Seq Transcriptome Profiling Identifies CRISPLD2 as a Glucocorticoid Responsive Gene that Modulates Cytokine Function in Airway Smooth Muscle Cells

然后看5篇芯片数据分析例子:
lncRNA : http://pubmedcentralcanada.ca/pmcc/articles/PMC3691033/
CHIP-array: IFI44L promoter methylation as a blood biomarker for systemic lupus erythematosus  http://ard.bmj.com/content/early/2016/01/19/annrheumdis-2015-208410.long
RNA相关芯片:太多了,就懒得列出来了

ChIP芯片技术:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3249421/  (GSE31332)

下面的链接不要管,我随意放在这里的

paper: 2011-review-The Emergence of lncRNAs in Cancer Biology http://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/1/5/391.short
paper: 2015-The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs  http://genome.cshlp.org/content/22/9/1775.full
paper: 2013-LNCipedia: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures  http://nar.oxfordjournals.org/content/41/D1/D246.short
paper: 2014-plos-WGBS+CHIP-seq+RNA-seq in Maize Genome : http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0105267
paper: ChIP-sequencing and Microarray analysis  : http://cancerres.aacrjournals.org/content/canres/early/2011/11/15/0008-5472.CAN-11-1976.full.pdf
pnas paper: Genome-Wide ChIP-Seq and Microarray Data Analysis : Ho et al. 10.1073/pnas.0812888106  http://www.pnas.org/content/suppl/2009/03/11/0812888106.DCSupplemental/0812888106SI.pdf

using bedtools to evaluate the efficiency of the capture and the coverage along the target regions. :
http://www.gettinggeneticsdone.com/2014/03/visualize-coverage-exome-targeted-ngs-bedtools.html
属于WES测序质量控制的一种:http://www.bio-info-trainee.com/1108.html
Illumina公司关于测序深度和覆盖度的介绍:http://www.illumina.com/science/education/sequencing-coverage.html










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 楼主| 发表于 2017-6-6 11:18:09 | 显示全部楼层
​首先你需要了解一些测序基本知识,组学基本知识,这个主要靠自己看,还有平时多积累。
http://www.biotrainee.com/forum-2-1.html 这个版块我列了一下,然后就是不懂的名词多搜索,多熟记。

然后你需要掌握一门编程语言,可以从http://www.biotrainee.com/forum-90-1.html 里面的题目开始,当然你需要先来一些简单,你先看这个,http://www.biotrainee.com/thread-834-1-1.html 编程学会怎么着也得两三个月了。

最后,你需要实战几个组学项目。看这个,http://www.biotrainee.com/forum-108-1.html 这个取决于你的悟性了。
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发表于 2016-10-26 22:22:11 | 显示全部楼层
论坛现在看起来好像是起步阶段没人回帖啊,新人来顶个贴
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发表于 2016-11-25 23:41:19 | 显示全部楼层
很赞的指引啊,让新人有个方向来发力。
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发表于 2016-11-26 09:11:21 | 显示全部楼层
这里的帖子都是精华
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发表于 2016-12-14 21:27:08 | 显示全部楼层
谢谢,学了这么久,感觉入门挺难
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 楼主| 发表于 2016-12-14 23:19:34 | 显示全部楼层
siyuan 发表于 2016-12-14 21:27
谢谢,学了这么久,感觉入门挺难

(⊙o⊙)…我给的这个指引挺好的,但是需要有人带着,不然就得你自己有着很强大的内心
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发表于 2016-12-16 10:30:12 | 显示全部楼层
最近找了一篇文章打算实现以下别人的数据处理流程,感觉作用挺大的,当时论文只是看了个皮毛。还是要多实践
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发表于 2017-2-12 20:20:43 | 显示全部楼层
给我自己加油!谢谢楼主分享
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发表于 2017-2-17 23:21:19 | 显示全部楼层
谢谢lz的分享
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