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[mRNA-seq] 小白跑RNA-seq前期总结

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发表于 2017-3-7 16:54:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 linyj 于 2017-3-7 18:04 编辑

    前几天加入了生信技能树的转录组板块建设小组,入群能一步一步学习转录组分析。主要是大家自己跟着群主帖子跑转录组,不懂的问题再群里大家相互讨论,群主会适当引导大家以更好解决问题。
    首先自爆家底:生化与分子生物学专业,实验主要是进行了转录组测序,测序部分公司负责,分析部分自己捣鼓。之前是自己通过tophat、cufflinks等跑出了转录组的前期结果,拿到了fpkm。但是这过程对于一个本科没学过生信的小白来说,足足花了一个月的痛苦琢磨。即使很简单的代码,大家都能跑出了,自己却跑不出来,各种调试,各种失败。虽然最后总算跑出来了,但是也发现学习生信对于后续课题的重要性,且在这分析中逐渐地发现自己的对这方面感兴趣,因此,当遇到群主组织的学习活动,就算自己是小白,也逼着自己上了。

    先贴出群主要我们跟着学习的帖子:“一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!”http://www.bio-info-trainee.com/2218.html

    前段阶段学习发现问题如下:
1、首先把整个帖子看完了,恩,大概能懂。但是当我看到这个代码,发现自己shell函数不过关:for ((i=677;i<=680;i++)) ;do wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP029/SRP029245/SRR957$i/SRR957$i.sra;done 。
就是for循环函数之类的。开始补shell,但是进展缓慢,很少看计算机方面的代码,所以看的很生涩。
2、本来打算看完shell再开跑,但是这样太慢,反而阻碍了自己的跟帖进展。因此今天直接跟着做,学会了如何拿到ftp的下载地址。但是又一个问题出来了
3、就是出现了下载报错的信息。然后我回到帖子,发现有一句话:请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。好吧,我得自己打代码了,不做伸手党,谁知道群主的代码哪里弄了个全角半角的“小陷阱”呢,毕竟老司机也曾经翻车拉。

    目前进展到这里,先发个帖子,后续会继续跟新!互勉




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 楼主| 发表于 2017-3-8 10:22:35 | 显示全部楼层
今天又重新下载数据 下载用wget,自己打的,但是不知道哪里出问题了,还是下载失败,下面是报错文件,大家知道为什么吗。

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发表于 2017-3-8 12:40:12 | 显示全部楼层
下载国外网站的东西就是慢  容易连不上  很可能是网络原因  
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发表于 2017-3-9 21:37:41 | 显示全部楼层
也跟着做了,目前遇到如下问题。下载Hg19参考基因组后,在本机建立索引失败,应该是内存不足。于是直接下载了成品索引。各个指令都比较吃电脑资源,晚上换用实验唯一一台工作站电脑。
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 楼主| 发表于 2017-3-10 09:49:36 | 显示全部楼层
额又试着跑了一次,专门只下载一个 发现仍然出错。还提示我done语法有问题。syntax 大家看图

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发表于 2017-3-10 10:47:15 | 显示全部楼层
实在不行,就用迅雷下载完,再copy到目录下边吧。
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发表于 2017-3-10 10:51:17 | 显示全部楼层
这里语句也有问题呀,明明没有循环,最后加了一个done,系统肯定要提示出错了。
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 楼主| 发表于 2017-3-11 08:13:15 | 显示全部楼层
azazelcc 发表于 2017-3-10 10:51
这里语句也有问题呀,明明没有循环,最后加了一个done,系统肯定要提示出错了。 ...

哦哦 原来done是和for连用的 谢谢
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 楼主| 发表于 2017-3-11 08:14:07 | 显示全部楼层
azazelcc 发表于 2017-3-10 10:47
实在不行,就用迅雷下载完,再copy到目录下边吧。

后来问了老师才知道我们服务器wget不支持。。。所以只能手动下载了
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发表于 2017-3-11 21:30:14 | 显示全部楼层
分享一下目前进度,用HTSeq拿到genecount文件,不过对DESeq还不是很熟悉,正在学习。
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