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[software] DESeq2

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发表于 2017-3-7 22:46:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yanfei 于 2017-3-7 22:53 编辑

1. DESeq2 介绍
1.1 用途
高通量数据分析过程中,基于count数据,对其进行标准化处理,并对两个样本的差异做定量比较。
在RNA-seq分析经常用到,偶尔在ChIP-seq/HiC等数据中。

1.2 与DESeq的差异
找出来的差异基因个数比DEseq多,降低了type-I-error


2. DEseq2 安装
[Python] 纯文本查看 复制代码
# source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
# biocLite("DESeq2", dependencies=T)
3. DESeq2 使用
3.1 输入数据
[Python] 纯文本查看 复制代码
library(DESeq2)
library(limma)
library(pasilla)
data(pasillaGenes)
exprSet <- counts(pasillaGenes)  ## 表达矩阵
group_list <- pasillaGenes$condition  ## 分组因子

colData <- data.frame(row.names=colnames(exprSet), group_list=group_list)
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet, colData = colData, design = ~ group_list)
3.2 运行DESeq2
[Python] 纯文本查看 复制代码
## 运行deseq2
dds2 <- DESeq(dds)
## 提取结果
res <-  results(dds2)
## 按照padj排序
resOrdered <- res[order(res$padj),]
## 输出结果
write.table(as.data.frame(resOrdered), 
            file="deseq_output.txt",
            sep="\t", 
            quote = F)

## 获得normalize的count
dds <- estimateSizeFactors(dds)
norcounts <- counts(dds, normalized=T)

## 用rlog对count进行log转化(后续可视化分析)
rld <- rlog(dds, blind=FALSE)
rld <- assay(rld)


4.参考






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发表于 2017-3-17 12:37:53 | 显示全部楼层
排版真好!!!注释也好!
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发表于 2017-3-26 21:24:02 | 显示全部楼层
请教楼主问题:
dds <- DESeq(dds)
res <- results(dds)
plotMA(res)

在plotMA(res)出的那个图叫什么?看不明白。
我这次再次做差异表达分析的时候,plotMA(res)的时候报错:
Error in plotMA(deseq2.res[order(deseq2.res$padj), ]) :
  'x' must be a data frame with columns named 'baseMean', 'log2FoldChange'.
这是什么错误呢?捣鼓了一天也没搞明白,,,
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发表于 2017-6-15 17:44:51 | 显示全部楼层
如果分组不只是两个,怎么得到两两比较的差异表达基因?
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发表于 2017-6-22 21:13:42 | 显示全部楼层
zhongguoren2016 发表于 2017-6-15 17:44
如果分组不只是两个,怎么得到两两比较的差异表达基因?

这里说的很清楚:https://dwheelerau.com/2014/02/1 ... nalyse-rnaseq-data/
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发表于 2017-6-22 21:13:53 | 显示全部楼层
zhongguoren2016 发表于 2017-6-15 17:44
如果分组不只是两个,怎么得到两两比较的差异表达基因?

这里说的很清楚:https://dwheelerau.com/2014/02/1 ... nalyse-rnaseq-data/
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发表于 2017-6-22 21:14:16 | 显示全部楼层
zhongguoren2016 发表于 2017-6-15 17:44
如果分组不只是两个,怎么得到两两比较的差异表达基因?

这里说的很清楚:https://dwheelerau.com/2014/02/1 ... nalyse-rnaseq-data/
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发表于 2017-6-24 15:23:05 | 显示全部楼层
hxoxh 发表于 2017-6-22 21:14
这里说的很清楚:https://dwheelerau.com/2014/02/17/how-to-use-deseq2-to-analyse-rnaseq-data/ ...

谢谢了,不好意思啊,我已经解决了,忘说了
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