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[variation-calling] 如何做SNP系统进化树?

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发表于 2017-3-10 10:19:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位大牛们,大家好!
我想咨询一下如何做SNP系统进化树,目前我可以通过samtools得到SNP caliing的VCF文件,我不知道下一步该怎么做,才能得到SNP的序列,得到了序列该用什么样的软件对这种SNP序列进行建树呢?还是有直接用fastaq文件mapping到reference上然后直接出树的软件?希望可以得到大家的帮助,了解这个分析的一些流程,十分感谢
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发表于 2017-3-10 10:53:18 | 显示全部楼层
希望你能找到跟你做一样分析的人,给你解答~
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 楼主| 发表于 2017-3-10 12:49:10 | 显示全部楼层
ydchen 发表于 2017-3-10 10:53
希望你能找到跟你做一样分析的人,给你解答~

谢谢!                                                                                
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发表于 2017-4-17 22:02:49 | 显示全部楼层
用群call的VCF文件过滤之后就可以做
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 楼主| 发表于 2017-6-9 17:02:43 | 显示全部楼层
pele 发表于 2017-4-17 22:02
用群call的VCF文件过滤之后就可以做

有软件可以直接用过滤后的VCF文件建SNP的树,您是这个意思吗?谢谢
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发表于 2017-6-25 00:43:55 | 显示全部楼层
是的
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发表于 2017-6-25 10:36:42 | 显示全部楼层
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发表于 2017-12-15 12:44:17 | 显示全部楼层
我最近也在做这个,问题和你一样,call snp 后就不知道怎么办了……
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发表于 2017-12-23 13:12:20 | 显示全部楼层
我也正做这个,请问怎么用GATK得到的vcf文件生成建树软件的输入文件的格式啊??我想用楼上提到的snphylo,但是不知道该怎么生成输入文件,非常感谢~
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发表于 2018-4-11 10:29:09 | 显示全部楼层
请问您找到办法了么?我现在正在做这个,不知道该怎样做
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