Windows下用perl Circos绘制PPI联系图

017中大普外

   Circos总之是一种很装逼的图，生物信息学里面有许多信息都可以融合在一张circos内，避免信息的复杂化表示。本菜鸟最近俩天致力于研究perl Circos，发现大多windows下Cirocs教程写得真是一坨屎，从安装到运行错的一塌糊涂，总之我按很多教程搞的时候是疯狂报错。原本我是用R里面的circos画的。R里面总共有三个包Rcircos，circlize，omicscircos（这个是biocondutor的）。最初用Rcircos画出的图是tm这个样子的，总之就是配色很丑，而且很挤。。omicscircos这个包好像配色不错，我也在看。但还是先决定用perl circos来展示PPI。于是就开始perl circos从0开始之路。这里我建议安装草莓perl，里面有cpan client安装模块时候非常好用，怎么安装就不多说了吧，记得吧其他版本的perl卸载了。。安装指令 install 加上模块名。下面你要安装这些模块。

[AppleScript] 纯文本查看 复制代码

Config::General
File::Basename
File::Spec::Functions
GD
GD::Polyline
Getopt::Long
IO::File
List::Util
Math::Bezier
Math::BigFloat
Math::Round
Math::VecStat
Memoize
Params::Validate
Pod::Usage
Readonly
Set::IntSpan
Regexp::Common

安装完之后去circos官网上下载circos压缩包，下载完之后记得解压，把bin目录添加到环境变量下。来说一点为什么这个perl circos坑的一笔。因为我在其他目录中搞他这个配置文件后疯狂报错，真是日了狗了，但是良辰表示还是能应付这些小喽啰的。所以记得在circos根目录下创建一个work的目录，里面在添加conf，data俩个子目录，以后配置在这个目录下搞就好了。至于为什么是这样，我也没搞清，很多circos教程貌似并未提到这点，照做的结果全是报错。

下面切入正题，如何绘制ppi circos。
详见下回分解。

Oscarwang

期待你的下文，膜拜中。。。

tsznxx

为什么不尝试下自己画？其实也挺容易的。一般人不会画的就是中间那些连接。其实这个东西在SVG里是现成的，很多人不知道名字而已。网上搜circos可能得到的信息不多，搜chord diagram试一试。

017中大普外

tsznxx 发表于 2017-3-14 00:35
为什么不尝试下自己画？其实也挺容易的。一般人不会画的就是中间那些连接。其实这个东西在SVG里是现成的， ...

大神你看看就好，俺这都是来搞笑的，瞎倒腾俩下做出图就好了