本帖最后由 017中大普外 于 2017-3-11 19:26 编辑
Circos总之是一种很装逼的图,生物信息学里面有许多信息都可以融合在一张circos内,避免信息的复杂化表示。本菜鸟最近俩天致力于研究perl Circos,发现大多windows下Cirocs教程写得真是一坨屎,从安装到运行错的一塌糊涂,总之我按很多教程搞的时候是疯狂报错。原本我是用R里面的circos画的。R里面总共有三个包Rcircos,circlize,omicscircos(这个是biocondutor的)。最初用Rcircos画出的图是tm这个样子的,总之就是配色很丑,而且很挤。 。omicscircos这个包好像配色不错,我也在看。但还是先决定用perl circos来展示PPI。于是就开始perl circos从0开始之路。这里我建议安装草莓perl,里面有cpan client安装模块时候非常好用,怎么安装就不多说了吧,记得吧其他版本的perl卸载了。 。安装指令 install 加上模块名。下面你要安装这些模块。[AppleScript] 纯文本查看 复制代码 Config::General
File::Basename
File::Spec::Functions
GD
GD::Polyline
Getopt::Long
IO::File
List::Util
Math::Bezier
Math::BigFloat
Math::Round
Math::VecStat
Memoize
Params::Validate
Pod::Usage
Readonly
Set::IntSpan
Regexp::Common 安装完之后去circos官网上下载circos压缩包,下载完之后记得解压,把bin目录添加到环境变量下。来说一点为什么这个perl circos坑的一笔。因为我在其他目录中搞他这个配置文件后疯狂报错,真是日了狗了,但是良辰表示还是能应付这些小喽啰的。所以记得在circos根目录下创建一个work的目录,里面在添加conf,data俩个子目录,以后配置在这个目录下搞就好了。至于为什么是这样,我也没搞清,很多circos教程貌似并未提到这点,照做的结果全是报错。
下面切入正题,如何绘制ppi circos。
详见下回分解。
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