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Windows下用perl Circos绘制PPI联系图

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发表于 2017-3-11 19:26:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 017中大普外 于 2017-3-11 19:26 编辑

   Circos总之是一种很装逼的图,生物信息学里面有许多信息都可以融合在一张circos内,避免信息的复杂化表示。本菜鸟最近俩天致力于研究perl Circos,发现大多windows下Cirocs教程写得真是一坨屎,从安装到运行错的一塌糊涂,总之我按很多教程搞的时候是疯狂报错。原本我是用R里面的circos画的。R里面总共有三个包Rcircos,circlize,omicscircos(这个是biocondutor的)。最初用Rcircos画出的图是tm这个样子的,总之就是配色很丑,而且很挤。。omicscircos这个包好像配色不错,我也在看。但还是先决定用perl circos来展示PPI。于是就开始perl circos从0开始之路。这里我建议安装草莓perl,里面有cpan client安装模块时候非常好用,怎么安装就不多说了吧,记得吧其他版本的perl卸载了。。安装指令 install 加上模块名。下面你要安装这些模块。
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
Config::General
File::Basename
File::Spec::Functions
GD
GD::Polyline
Getopt::Long
IO::File
List::Util
Math::Bezier
Math::BigFloat
Math::Round
Math::VecStat
Memoize
Params::Validate
Pod::Usage
Readonly
Set::IntSpan
Regexp::Common
安装完之后去circos官网上下载circos压缩包,下载完之后记得解压,把bin目录添加到环境变量下。来说一点为什么这个perl circos坑的一笔。因为我在其他目录中搞他这个配置文件后疯狂报错,真是日了狗了,但是良辰表示还是能应付这些小喽啰的。所以记得在circos根目录下创建一个work的目录,里面在添加conf,data俩个子目录,以后配置在这个目录下搞就好了。至于为什么是这样,我也没搞清,很多circos教程貌似并未提到这点,照做的结果全是报错。

下面切入正题,如何绘制ppi circos。
详见下回分解。


Rcircos做图

Rcircos做图

草莓perl的模块安装用cpan-client

草莓perl的模块安装用cpan-client

perl circos PPI

perl circos PPI



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发表于 2017-3-13 10:41:28 | 显示全部楼层
期待你的下文,膜拜中。。。
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发表于 2017-3-14 00:35:07 | 显示全部楼层
为什么不尝试下自己画?其实也挺容易的。一般人不会画的就是中间那些连接。其实这个东西在SVG里是现成的,很多人不知道名字而已。网上搜circos可能得到的信息不多,搜chord diagram试一试。
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 楼主| 发表于 2017-3-14 21:30:51 | 显示全部楼层
tsznxx 发表于 2017-3-14 00:35
为什么不尝试下自己画?其实也挺容易的。一般人不会画的就是中间那些连接。其实这个东西在SVG里是现成的, ...

大神你看看就好,俺这都是来搞笑的,瞎倒腾俩下做出图就好了
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