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TCGA 预后作图

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发表于 2017-3-12 15:29:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 小子舜 于 2017-3-12 15:31 编辑

在阅读文献的时候遇到了相关问题。如下图如何做?
请大神赐教。谢谢
另有重谢。
上图所示为Development of a RNA-Seq Based Prognostic Signature in Lung Adenocarcinoma文章提到的,但是没有讲如何做出来的,估计是oncomine导出的。
下图是:RESEARCH Open Access
An eight-miRNA signature as a potential biomarker for predicting survival in lung adenocarcinoma
两篇原文我都附上。请大神给出意见。
文章说了:To evaluate the contribution of miRNAs as independent
prognostic factors of patient survival, we used a
multivariate analysis. All variables reaching a significant
level of 10% in univariate analyses were tested in a Cox
proportional hazards model. All reported P values were
two-sided. All analyses were performed using the R/Bio-
Conductor (version 3.0.2) [19] and survival curves and
ROCs were generated by ggplot2, survMisc and survivalROC
[20] packages. 可能用了以上者三个包 。
如有大神能帮我解决 重谢。

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发表于 2017-3-13 23:10:05 | 显示全部楼层
对与An eight-miRNA signature as a potential biomarker for predicting survival in lung adenocarcinoma、 这篇文章的图我来简要解释一下:
1:作者按照predict score对样本进行分组;分组方法是有监督的主成份分析法
2:将两组的所有样本的生存时间绘制散点图
3:将两组样本中的8个miR绘制热图

实际上你的问题就是不知道用什么方法对样本进行分组,R里面应该有很多做主成份分析的包,不过我没有用过,还要找找
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 楼主| 发表于 2017-3-13 02:17:17 | 显示全部楼层
请各位老师 应助。我的微信号是 z435210693。
有酬谢。谢谢
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发表于 2017-5-23 19:11:33 | 显示全部楼层
学习学习学习学习学习学习学习
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发表于 2017-5-26 10:36:38 | 显示全部楼层
同求以上作图方法,有偿,QQ:1149845087
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