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[其他] 如何直接使用安装好的程序或编写好的脚本

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发表于 2017-3-12 23:01:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
                        
    Linux系统之所以是生信工作者必须学习的工作平台,除了其在计算方面甩Windows几条街之外,更重要的是:大量的生物信息相关程序是基于linux平台编写的。比如大家经常要用的BlastBWASOAPdenovo等。而写过脚本的同学们,随着自己学习进程的不断推进,代码量越来越多,也面临着每次运行那个小脚本程序时,总要输入脚本全部路径的烦恼。

    然而~强大的Linux系统已经为你考虑到解决这个问题的方法了~在Linux平台下,其实每个用户的登录目录下都有几个隐藏文件,这里面记录着针对登录用户的一些环境变量信息。这类文件有.bashrc .profile


图中标注的就是这两个文件,用vim打开之后是这个样子的




如上图所示,这就是.bashrc .profile文件的基本格式。如果学习过Linuxbash编程的同学不难发现,这两个文件中的内容其实就是变量的声明和赋值。当我们需要将自己手动安装的程序,或者编写的常用脚本添加到系统默认路径下的时候有两种方式:


a)将可执行程序或者脚本的路径添加到PATH变量下


例如我们有一个求平均数的Perl脚本,mean.pl,由于经常要用到,所以我们希望一按Tab就能自动出现。那么我们只需要进行这几步:


首先,我们需要将执行文件的权限修改成可执行(饶口吧~)

执行chmod775 mean.pl

然后将mean.pl所在的路径添加到PATH变量下,如图所示。


最后,source.bashrc
b)给程序或者脚本取个名字,通过alias将取好的名字和程序绑定。


第一步修改权限和上面一样
第二步则是用aliasmean”这个名字付到mean.pl这个程序上

最后source.bashrc

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发表于 2017-3-14 23:20:42 | 显示全部楼层
非常赞,都是很实用的技巧啊,目前只是简单用过profile,看到楼主那一堆修改的路径,羡慕。
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