搜索
查看: 2217|回复: 0

[software] org.Xx.eg.db

[复制链接]

64

主题

138

帖子

681

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
681
发表于 2017-3-13 10:40:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
一:org.Xx.eg.db系列包概述
bioconductor的官网里面可以查到共有111个系列包,简介见http://www.bio-info-trainee.com/788.html
2, 关于人类的包为org.Hs.eg.db,主要就是根据自己的ID找到需要的别的数据库ID,简介见http://www.bio-info-trainee.com/710.html
没错!!!!它就是用来ID转换的!!
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
keytypes(org.Hs.eg.db)#看看它有多少数据库呦~~
最强大的select()函数来找到对应的ID
ensids <- c("ENSG00000130720", "ENSG00000103257", "ENSG00000156414",
 
"ENSG00000144644", "ENSG00000159307", "ENSG00000144485")#寄几的ID
 
cols <- c("SYMBOL", "GENENAME")#想要的ID
 
select(org.Hs.eg.db, keys=ensids, columns=cols, keytype="ENSEMBL")#生成数据框,就包含原#ID和对应的ID
#即keys 是自己的ID,symbol或者啥的,单个和向量都可以。
#keytype 为目标数据库的ID
上面的网址是它的Pdf

回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-8-23 07:24 , Processed in 0.026470 second(s), 24 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.