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发表于 2017-3-13 11:40:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
比如 NIH Roadmap Epigenomics Consortium负责的roadmap计划咯:
首先:http://www.nature.com/nature/journal/v518/n7539/full/518314a.html 这个是计划的综述
然后,http://www.nature.com/nature/jou ... ll/nature14248.html 这个详细解决了该计划涉及到哪些数据。
有文章合集:http://www.roadmapepigenomics.org/publications/ 感觉这辈子都看不完了。

4种数据; histone modification patterns, DNA accessibility, DNA methylation and RNA expression
127种细胞系:List of 127 epigenomes including 111 by the Roadmap Epigenomics program (E001–E113) and 16 by ENCODE (E114–E129).
用到的高通量测序技术是: including chromatin immunoprecipitation (ChIP)9, 10, 16, 17, DNA digestion by DNase I (DNase)7, 18, bisulfite treatment1, 2, 19, 20, methylated DNA immunoprecipitation (MeDIP)21, methylation-sensitive restriction enzyme digestion (MRE)22, and RNA profiling8, each followed by massively parallel short-read sequencing (-seq).




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 楼主| 发表于 2017-3-13 11:40:35 | 显示全部楼层
所以,我知道了,它里面不含有TF
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