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[other] 用Excel +PPT画heatmap

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发表于 2017-3-14 01:27:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
虽然有很多工具,软件可以画heatmap,其实Excel也有类似的功能。那为什么要用Excel画呢?既不专业也不方便的说。目的有二:(1)学习Excel 的高级功能;(2)了解heatmap 的做图原理。

Step 1:找一个data文件。这里是随手抓了一个。每行是个基因,每列是sample的表达量值。
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
	C1	C2	C3	C4
G1	0.030090505	-0.073306244	0.002292831	-0.142914623
G2	0.103900635	0.542555751	0.033557426	0.9431951
G3	0.100601625	0.533858751	0.002173174	1.877755962
G4	0.013796309	0.789977668	0.747464468	0.15846991
G5	0.326250988	-0.298227306	0.053726691	-0.799431766
G6	0.471324734	0.223866167	0.58117756	-0.262813075
G7	0.052986212	-0.566114161	0.14219773	-0.761627818
G8	0.165414569	-0.266111367	0.974079177	-0.009019072
G9	0.002241802	1.105711101	0.127898145	0.855064186
G10	0.205834134	-0.321709153	0.837858338	-0.088203178
G11	0.858867366	-0.065798432	0.433772293	-0.423114799


Step 2: 在Excel里,计算Z score:先每行均值和标准差。然后用(原始值-均值)/标准差。这里要用到均值(AVERAGE),标准差公式(STDEV)。Trick:编辑好一行,然后选中者一样,鼠标放到选中单元格的右下角,可以双击,将公式应用到每行。

Step 2.2: 如果需要对数据进行排序,多个数据集(上调下调)进行拼接,都可以在这里进行。

Step 3:选中标准化的数据,选择“开始”-》“条件格式”-》“色阶”-》“红-白蓝色阶“。就可以得到heatmap。基因名和sample名加粗显示。

Step 3.1: 如果希望heatmap中显示原始数值,那么,右键,选择”单元格格式“,设置显示的”小数位数“。这里设置为2。并适当调整字体,边框等属性。

Step 4: 将表格copy到PPT里面。如果不需要单元格显示数字,选中表格中的所有数字,按“DELETE"删除即可。图的后期修饰都可以在PPT里做。其实更专业的软件是Adobe Illustrator。如果有兴趣的同学可以试试。

这只是个引子,更复杂的图也可以做出来。

Excel 数据截图和PPT图的截图
heatmap1.png
heatmap2.png



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发表于 2017-3-15 10:17:47 | 显示全部楼层
这个666翻了 值得学习下
人生若只如初见!
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