搜索
查看: 3303|回复: 1

R直接读取plink格式的BED/BIM/FAM文件

[复制链接]

5

主题

22

帖子

172

积分

注册会员

Rank: 2

积分
172
发表于 2017-3-14 17:36:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 hyacz 于 2017-3-14 18:08 编辑

最近做GWAS的时候想用一下公共数据,bfile(BED/BIM/FAM)的格式比较多,FarmCPU和GAPIT这两个软件都是用numeric格式的数据,如果要从bfile转过来的话利用现有的工具挺麻烦的。下面是一张gwas涉及到的文件格式转换的图:


上Github上搜了一下发现果然有人造过轮子(Github link: plink2R)


安装方法:
> devtools::install_github("gabraham/plink2R/plink2R")


如果网速不好下不下来的话可以先通过github网页下载zip包,解压后在R中利用install_local函数安装


使用方法:

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复

使用道具 举报

634

主题

1182

帖子

4030

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
4030
发表于 2017-3-14 23:28:24 | 显示全部楼层
赞,你已经学会了搜索,出师了~
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2019-2-21 22:52 , Processed in 0.034648 second(s), 29 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.