搜索
查看: 2734|回复: 0

ChIP-Seq数据分析实战-喜树碱处理对TP53的结合能力的改变

[复制链接]

634

主题

1182

帖子

4030

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
4030
发表于 2016-9-6 07:12:20 | 显示全部楼层 |阅读模式
本项目实战里面研究的转录因子,就是TP53,作者是想看喜树碱处理前后TP53这个转录因子的结合能力的变化!

喜树碱(有研究表明可用以治疗癌症);
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE75528

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP066824

样本的描述如下:
GSM1958558FL39RCPT1
GSM1958559FL39RCPT2
GSM1958560FL39RUT1
GSM1958561FL39RUT2
GSM1958562Input


数据在SRA的ftp站点可以下载:ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov ... RP/SRP066/SRP066824
12/04/2015 12:00AM      Directory SRR296700912/04/2015 12:00AM      Directory SRR296701012/04/2015 12:00AM      Directory SRR296701112/04/2015 12:00AM      Directory SRR296701212/04/2015 12:00AM      Directory SRR2967013首先下载数据并且解压:
for ((i=7009;i<7014;i++)) ;do wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov ... 66/SRP066824/SRR296$i/SRR296$i.sra;done
因为测序平台是AB 5500xl Genetic Analyzer,就是传说中的solid格式,所以不应该用fastq-dump啦,应该用abi-dump才对!
参考:http://davetang.org/muse/2012/07/04/from-sra-to-fastq-for-solid-data/
ls *sra |while read id; do ~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64/bin/abi-dump $id;done

这样只能转为csfasta格式,需要下载大名鼎鼎的lh写的一个脚本:wget http://www.bbmriwiki.nl/svn/bwa_45_patched/solid2fastq.pl

解压可以看到测序量如下所示:
Read 58858026 spots for SRR2967009.sra
Written 58858026 spots for SRR2967009.sra
Read 59120282 spots for SRR2967010.sra
Written 59120282 spots for SRR2967010.sra
Read 53682223 spots for SRR2967011.sra
Written 53682223 spots for SRR2967011.sra
Read 68340010 spots for SRR2967012.sra
Written 68340010 spots for SRR2967012.sra
Read 157446465 spots for SRR2967013.sra
Written 157446465 spots for SRR2967013.sra

是color space的数据,如果需要继续往下面分析,需要参考生信菜鸟团的博客:
终于碰到color space的测序数据啦!
用 SHRiMP 来比对color space的数据





上一篇:CHIP-seq数据分析实战之组蛋白修饰-H3K27ac
下一篇:ChIP-Seq数据分析实战-H3K4me2和H3K4me3这两种组蛋白甲基化
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-8-19 08:32 , Processed in 0.031053 second(s), 30 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.