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怎样从Bam文件中取出某特定位点所匹配上的read名称或序列?

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发表于 2017-3-16 10:09:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问各位大神,怎样从Bam文件中取出基因组某一特定位点匹配上的reads名称或者序列?比如人类参考基因组的chr2:15666866位置,匹配上的READ的名称或者序列?



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发表于 2017-3-16 10:21:00 | 显示全部楼层
请自行参考群主博客:
http://www.bio-info-trainee.com/2338.html
需要用到一些测试数据,我准备拿17号染色体的40437407-40486397这约48Kb碱基区域来举例子,就需要把这个区域的bam提取出来。
samtools的view命令的-r参数不再是用来指定坐标了!

samtools view -h  control_1.sort.bam   "chr17:40437407-40486397"  |samtools view -bS - >RNA-seq.bam

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 楼主| 发表于 2017-3-16 12:01:21 | 显示全部楼层
ydchen 发表于 2017-3-16 10:21
请自行参考群主博客:
http://www.bio-info-trainee.com/2338.html
需要用到一些测试数据,我准备拿17号染 ...

非常感谢您的热心答复,群主的这个博文写的是得到指定区域的BAM文件,我的目的是批量获取得到匹配上指定区域的read序列或者名称的文件。不过基于此博文的基础上可以缩小范围,我看看能不能想办法达到我的目的,再次感谢!
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发表于 2017-3-21 09:20:29 | 显示全部楼层
zhyy403013 发表于 2017-3-16 12:01
非常感谢您的热心答复,群主的这个博文写的是得到指定区域的BAM文件,我的目的是批量获取得到匹配上指定区 ...

不客气,不过,我觉得你的帖子可能是发错地方了,应该搬到QA那边去
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