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[assembly] 如何从cufflinks拼接的转录本中筛选出lncrna的转录本

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发表于 2017-3-18 20:05:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
如何从cufflinks拼接的转录本中筛选出lncrna的转录本和mrna的转录本
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 楼主| 发表于 2017-3-18 20:08:43 | 显示全部楼层
step4: 若该物种存在已知lncRNA数据,首先通过cuffcompare软件,将前一步得到的转录本与已知lncRNA进行比较,得到与已知lncRNA相同的转录本。这一部分转录本直接纳入最终的lncRNA集,不再进行后续筛选。之后,通过与该物种已知非lncRNA及非mRNA类型(rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA,pre-miRNA,pseudogenes等)的转录本进行比较,筛除那些与以上已知转录本相似或相同的转录本。若无已知lncRNA数据,则直接进行与该物种已知非lncRNA及非mRNA类型转录本的比较;

我用的参考基因是hg19,这一步骤中所说的已知lncRNA数据,已知非lncRNA及非mRNA类型转录本的数据应该去哪里下载
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