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[lncRNA-seq] 如何从cufflinks拼接后的转录本中得到lncrna数据

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发表于 2017-3-18 20:21:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
在技术文档中给出了以下的筛选步骤,问题是第四步中提到的已知lncRNA数据和已知非lncRNA及非mRNA类型的转录本的数据都去哪里下载?
step1: 对所有样品拼接得到的转录本使用cuffcompare软件进行合并,筛除链方向不明的转录本;
step2: 选择转录本长度>=200bp,Exon个数>=2的转录本;
step3: 通过cufflinks计算每条转录本的reads覆盖度,选择至少在一个样品中覆盖度>=3的转录本;
step4: 若该物种存在已知lncRNA数据,首先通过cuffcompare软件,将前一步得到的转录本与已知lncRNA进行比较,得到与已知lncRNA相同的转录本。这一部分转录本直接纳入最终的lncRNA集,不再进行后续筛选。之后,通过与该物种已知非lncRNA及非mRNA类型(rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA,pre-miRNA,pseudogenes等)的转录本进行比较,筛除那些与以上已知转录本相似或相同的转录本。若无已知lncRNA数据,则直接进行与该物种已知非lncRNA及非mRNA类型转录本的比较;
step5: 通过与已知mRNA进行比较,并利用cuffcompare分析结果中的class_code(http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/cuffcompare/index.html#transfrag-class-codes)信息筛选候选lincRNA,intronic lncRNA, anti-sense lncRNA类型的转录本。



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 楼主| 发表于 2017-3-18 20:28:48 | 显示全部楼层
求问啊
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 楼主| 发表于 2017-3-18 20:55:29 | 显示全部楼层
如果不进行lncrna和mrna的筛选直接进行差异分析可以吗
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发表于 2017-3-18 21:56:15 | 显示全部楼层
那篇文章叫什么
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发表于 2017-8-10 10:59:47 | 显示全部楼层
已知的lncRNA可以去GENCODE数据库下载
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发表于 2017-8-28 20:21:13 | 显示全部楼层
wydtc111 发表于 2017-8-10 10:59
已知的lncRNA可以去GENCODE数据库下载

GENCODE数据库里面有玉米的lncRNA吗
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发表于 2017-8-29 16:14:45 | 显示全部楼层
Andy123 发表于 2017-8-28 20:21
GENCODE数据库里面有玉米的lncRNA吗

没有,只有鼠和人的
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