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windows perl Circos 绘制PPI 第二集

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发表于 2017-3-24 18:32:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 017中大普外 于 2017-3-24 18:32 编辑

好的,我们继续来搞这个PPI circos,先说数据的准备吧。所谓准备PPI数据,这个不多说。。。。直接切入circos 绘图吧,不懂怎么数据的我有空再写一次。先来说这个配置文件,在/work/conf目录下创建circos.conf作为主配置文件(xxxx.conf),这个可以用git来创建:touch circos.conf,以后perl运行画图时所用文件就是这个。用文本编辑器打开circos.conf,创建主配置文件就讲一下基本语法,首先是引用,引用大致意思就是和其他变成语言的导入package。拿下这段代码做个讲解。双剑头《include +'目录/引用文件名'》是引用,其实有些引用是固定的,不需要改。这里需要提醒的就是各个conf文件之间可以相互引用。一个模块的开始要以<xxxx>开始,</xxxx>结束,这里需要注意一下,举个例子,假如你想添加热图进去,就要用到以<plot>开始,</plot>结束,中间填上参数,仔细看下面的代码,就能明白。
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>#不用改,固定引用
<image>#不用改,固定引用
<<include etc/image.conf>>#不用改,固定引用
</image>#不用改,固定引用
<<include etc/housekeeping.conf>>#不用改,固定引用
karyotype = karyotype.human.hg19.txt #这个地方是你的染色体配置文件,这个perl自带有的,我们打开来看看这个文件,图1,不爽当然可以自己准备,没毛病
chromosomes_units = 100000#我也不懂
chromosomes_display_default = yes#我也不懂
 
<ideogram>#开始画核,核就是核心,就是圆圈,如果不爽在创建个ideogram.conf,在里面编辑,然后在circos.conf里面写上引用<<include ./ideogram.conf>>,没毛病,注意一下目录
<spacing>#接下来就是该配置文件的代码,其实也是很简单的
default = 0.005r
</spacing>

radius = 0.9r
thickness = 40p#表示染色体的彩色条带的厚度fill = yes#颜色充填
fill_color = black
stroke_color = black
stroke_thickness = 2

show_label = yes#这里,label即是圆圈上的刻度,后面的参数完全可以看帮助文档,或者自己改变改变试试就知道代表什么意思了
label_font = default
label_radius = 1r + 75p
label_size = 30
label_parallel = yes
label_case = upper
label_format= eval(sprintf("chr%s",var(label)))


show_bands = yes
fill_bands = yes
band_stroke_thickness = 2
band_stroke_color = white
band_transparency = 4



</ideogram>

show_ticks = yes
show_tick_labels = yes
<ticks>#看见了吗,画tick以<tick>开始,</ticks>结束,中间填参数
radius = 1r
color = black
thickness = 2p
multiplier = 1e-6
format = %d
</ticks>

 


<plots>#添加基因名进去

type       = text#注意type就是画的图的类型
color      = black
label_font = default
label_size = 30p

<plot>
file = allgenes.txt

r1   = 0.9r
r0   = 0.8r


show_links     = yes
link_dims      = 0p,0p,40p,0p,10p
link_thickness = 2p
link_color     = blue

</plot>

</plots>

<links>#连接线开始画
<link>
file= linkout.txt1#这里来看一下我的link文件
color= darkred
radius=0.7r
bezier_radius=0.4r
thickness =1
</link>
</links>


画PPI的话准备这俩个文件就足够了,当然如果想加其他图形也是同样的方法,plot模块了改变type和输入的文件。文件准备的话,主要还是从UCSC搞下来,通过编程的方法去整理link文件。下集讲文件怎么准备



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 楼主| 发表于 2017-3-24 18:35:48 | 显示全部楼层
忘了说怎么运行了,cmd进入circos根目录,打如下之类,perl  /bin/circos -conf /work/conf/circos.conf,然后就画出来图了
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