GenePattern——不仅仅是做GSEA富集的在线分析工具

旭日早升

简单说明一下，这个还是刚刚要做GSEA富集分析的时候在GSEA官网找到的。关于GSEA坛主有很多贴子，大家可以去看。GSEA的下载页面（http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp）提示了java，R的版本，大家可能忽视了它同样给了一个GenePattern的链接（https://genepattern.broadinstitute.org/gp/pages/index.jsf）。

上面这个简单的介绍可以看到GenePattern也是Broad研究所开发的在线分析平台，里面其实整合了不少工具，但是我本身用在线工具不多，这个平台也没有过多探索，就简单介绍下我用过的GSEAPreranked工具。
首先说明一下，GenePattern是需要注册的，你用的Broad的服务器，注册一下也无妨，注册就不说了。登录到GenePattern的首页，直接在左边检索GSEA，如下图，就会出现几个GSEA的工具，其中GSEAPreranked是最简单的，你只需要把你感兴趣的gene list和它对应的分数表（例如差异gene的FC值）做一个rnk文件（文件格式详见http://software.broadinstitute.o ... ex.php/Data_formats）。

下图直接到GSEApreranked的界面，1、选择版本，2、上传rnk文件，3、选择数据库或者自己上传（关于数据库大家可以找坛主的帖子），4、命名输出的文件名，5、run。其他参数自己慢慢学习，因为我也不懂，哈哈。

运行可能要几分钟，视情况而定吧。注意有没有报错，正确运行如下图会有个对号，报错需要查看报错文件stderr，正确运行最后输出结果是zip压缩文件，里面的东西很多，慢慢探索吧少年。

可能还有很多GSEA的在线工具，但这个是官方的，数据库也更新很快，大家可以考虑使用。
生信技能树表观组版主旭日早升贡献，转载声明生信技能树。

果子

感谢分享！

李子都

GenePattern还有个gistic模块，很好用

Nevermore

楼主您好，想问一下gene pattern中的submap功能如何使用？