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GenePattern——不仅仅是做GSEA富集的在线分析工具

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发表于 2017-3-19 18:49:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 旭日早升 于 2017-3-19 19:03 编辑

简单说明一下,这个还是刚刚要做GSEA富集分析的时候在GSEA官网找到的。关于GSEA坛主有很多贴子,大家可以去看。GSEA的下载页面(http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp)提示了java,R的版本,大家可能忽视了它同样给了一个GenePattern的链接(https://genepattern.broadinstitute.org/gp/pages/index.jsf)。
GenePattern.jpg
上面这个简单的介绍可以看到GenePattern也是Broad研究所开发的在线分析平台,里面其实整合了不少工具,但是我本身用在线工具不多,这个平台也没有过多探索,就简单介绍下我用过的GSEAPreranked工具。
首先说明一下,GenePattern是需要注册的,你用的Broad的服务器,注册一下也无妨,注册就不说了。登录到GenePattern的首页,直接在左边检索GSEA,如下图,就会出现几个GSEA的工具,其中GSEAPreranked是最简单的,你只需要把你感兴趣的gene list和它对应的分数表(例如差异gene的FC值)做一个rnk文件(文件格式详见http://software.broadinstitute.o ... ex.php/Data_formats)。
GenePattern.jpg
下图直接到GSEApreranked的界面,1、选择版本,2、上传rnk文件,3、选择数据库或者自己上传(关于数据库大家可以找坛主的帖子),4、命名输出的文件名,5、run。其他参数自己慢慢学习,因为我也不懂,哈哈。
GenePattern.jpg
运行可能要几分钟,视情况而定吧。注意有没有报错,正确运行如下图会有个对号,报错需要查看报错文件stderr,正确运行最后输出结果是zip压缩文件,里面的东西很多,慢慢探索吧少年。
GenePattern.jpg
可能还有很多GSEA的在线工具,但这个是官方的,数据库也更新很快,大家可以考虑使用。
生信技能树表观组版主旭日早升贡献,转载声明生信技能树。



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发表于 2017-4-15 16:46:20 | 显示全部楼层
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