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[function-annotation] 求问-关于Swiss-port数据库

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发表于 2017-3-22 16:28:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
   具体情况是这样的,因为跨专业过来的,生信很白痴的这种--最近在看葡萄科的一个文献,下载了数据,文献说:
We then aligned the remaining transcripts to the reference grape genome in the Swiss-Prot database using BLAST [51] with the parameters “-e 1e-5 -F F -a 5”. The transcripts that could be aligned to reference sequences were selected and scanned to define coding regions (CDS).
  嗯,用Swiss-Port数据库和序列进行了对比,使用blast对比出了CDS。。。嗯,这一步是怎么做到的,找了很多帖子了,没找到。。。有路过的前辈指导一下吗,小白先跪谢了~~
  在之后,这篇文献用blastp进行了Self-to-self,保证所有的序列的e值都是1E-5。嗯,这一步很多帖子和软件包括orthoMCl的解说中都有说到,我也看懂了,然后就是确定基因家族,
define gene families, we used average distance for a hierarchical clustering algorithm implemented in Hcluster_sg (part of TreeFam)
[size=9.000000pt]这些软件都没用过。。。真是尴尬,求路过的大神,能否介绍一下,做植物的基因家族一般用哪些软件?
                               
                       
               
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