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发表于 2017-3-22 22:46:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
> COAD <- read.csv("COAD_file4.csv",header=T,sep=",")   #R平台读入一个文件,为什么原文件中第一列的gene_id号被换成了数字。
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发表于 2017-3-23 11:15:37 | 显示全部楼层
那应该不是第一列,而是rownames。
后面一列应该就是你说的gene_id了吧?
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 楼主| 发表于 2017-3-23 20:04:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 xty2017 于 2017-3-23 21:48 编辑

是的,这个问题已解决!

但在用DESeq2包做RNA-seq差异分析,构建dds()时,出现如下提示:
> dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countMatrix,DataFrame(cond),~cond,tidy=FALSE)
Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) :
  some values in assay are negative

望各位解答,在此先谢过!



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发表于 2017-3-26 22:51:57 | 显示全部楼层
xty2017 发表于 2017-3-23 20:04
是的,这个问题已解决!

但在用DESeq2包做RNA-seq差异分析,构建dds()时,出现如下提示:

请重新发帖,谢谢
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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