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[variation-calling] varscan是不是不能选择特定的区域?

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发表于 2017-3-24 14:57:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
刚用了varscan2 去call snp,但是我只想找BRCA1/2相关的。
用GATK和freebayes都可以选择区域,想请问用过varscan2的人,是不是varscan2没有区域选择的参数(我看了说明书没有找到)。
谢谢。
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发表于 2017-3-25 09:28:57 | 显示全部楼层
varscan2用的是samtools的mpileup文件,所以你在samtools的mpileup里面选择感兴趣区域即可
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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