搜索
查看: 2035|回复: 3

[其他] RNA-seq测序相关问题

[复制链接]

4

主题

48

帖子

782

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
782
发表于 2017-3-26 14:30:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
在肿瘤细胞过表达某个基因,提取RNA,测qPCR过表达有上百倍。细胞拿去转录组测序,才上调3 倍多?有个疑问就是是不是因为这两个做参考的不一样,所以上调倍数没法去比较?比如qpcr数据用2-△△Ct法相对内参基因gapdh等上调的倍数。
回复

使用道具 举报

10

主题

52

帖子

559

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
559
QQ
发表于 2017-3-27 09:15:14 | 显示全部楼层
我觉得是不同平台和定量方式的问题吧。之前我们经常说在一个平台的结果在另一个平台上很难得到验证,例如RNA-seq的结果只有很少数能在qPCR得到验证,究竟什么原因其实之前也没细细想过,但是想来应该是定量方式的原因多一点吧。qPCR一般只定量转录本的一小部分,那么不同转录本的怎么算?RNA-seq也有挺多定量的方式,总的来说有gene水平和transcript水平,方法上也有不同,可以有count或者FPKM等,从这个角度说RNA-seq的结果本身都有很多可变性,更不要说与其他平台对比了。这只是个人见解,希望可以看到更专业的回答。我们的经验一般是只要两个平台都是上调的,就认为是可信的结果,没有太纠结于倍数差异。
回复 支持 反对

使用道具 举报

4

主题

48

帖子

782

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
782
 楼主| 发表于 2017-3-27 15:42:18 | 显示全部楼层
旭日早升 发表于 2017-3-27 09:15
我觉得是不同平台和定量方式的问题吧。之前我们经常说在一个平台的结果在另一个平台上很难得到验证,例如RN ...

好的,多谢。
回复 支持 反对

使用道具 举报

3

主题

17

帖子

380

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
380
发表于 2017-3-30 13:47:39 | 显示全部楼层
是对照不同,我觉得题主不需要多纠结,都对~
QPCR 是target gene以housekee gene做对照。
FPKM 是targer gene占总rna的百分比,是以总RNA作为对照。
而且不同的细胞系总RNA量是不同的,比如休眠的种子和活跃的胚珠组织,这些都是会造成这种差异的。
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-10-21 09:25 , Processed in 0.031213 second(s), 24 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.