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从公司的生物信息学培训来看你应该学什么

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发表于 2017-3-27 14:22:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

学了课程能干啥?
超级实用的生物信息课程,一课搞明白NGS到底在玩儿啥!
带你直接晋级level 2 (level 2是啥阶段,点开链接看一看),并且还将解答以下问题:
1. 转录组、表观遗传组实验设计
(要有三个replicates吗?要做对照吗?什么样的对照呢?模型这样做合适吗?选取什么样的样品,样品处理会不会有问题,存放及运送条件都是怎样的呢?……)
2. 数据分析结果怎么看,怎么用
(GO,KEGG,GSEA,heatmap,K-M曲线,averageprofile等等这些图都代表了什么意义,我们能拿这些结果干什么?)
3. 我也能学会的R语言
(为什么别人文章里的图都那么好看?简单的统计分析其实一点都不难。)
4. 我要学实用的数据库用法
(UCSC,TCGA,GEO等等都怎么去看,具体有哪些用处呢?)
5. 生物狗也能分析别人的数据发paper
(我可以通过公共数据挖掘,不做实验就发表文章吗?应该怎么操作呢?)

哪些人群适用?
1. 上述问题也曾萦绕于脑海的同类。
2. 有生物、医学数据分析需求的临床及基础科研工作者们。
3. 希望通过挖数据库挖出文章的筒子们。

为期3天的超详细课程表!
2017.4.7
上午
1) 二代测序技术简介及实验设计(包括,基因组,转录组,表观遗传组)
9:00-10:20
1) 利用GEO,DAVID等数据库在线完成表达谱数据深入挖掘。
10:30-12:00
午间休息
下午
1) Linux操作系统和常用命令介绍(操作演示)
13:30-15:30
1) R语言(软件安装,文件读写)
a) R语言特点
b) R的数据结构
c) 循环控制
2) R绘图(barplot, boxplot, heatmap)
15:30-17:00
2017.4.8
上午
DNA测序数据分析流程和应用介绍介绍
a)DNA测序数据特点和分类  
b)测序数据质量检测要素
c)癌症基因组测序数据课题设计思路
d)  TCGA数据检索和相关数据库介绍
9:00-10:20
CRISPR screening实验设计原理和应用
a) 质量检控要素介绍
b) CRISPR数据分析流程介绍
10:30-12:00
午间休息
下午
临床试验课题设计和要点
13:30-15:00
临床数据特点和分析方法介绍
15:10-17:00
2017.4.9
上午
1)    基于表达谱数据的药物重定位
a)    Connectivity Map数据库使用与结果解读
b)   不同的药物重定位方法简介
c)    实例讲解
d)   基于RNA-Seq数据进行药物重定位
9:00-10:20
2)    实用生物医学相关数据库简介。
a) 常用生物医学数据库简介
b) 其在具体的药物筛选中的实际应用
10:30-12:00
午间休息
下午
1) 生物信息高级专题和科研心得分享
什么是生物信息的核心问题?
如何有效利用高通量测序这个技术?
13:30-15:00
15:10-17:00

更详细的课程说明:
1)二代测序技术简介及实验设计。
a.测序目的、方法及分析流程概览
b.测序在医学研究领域中的应用
c.表观遗传组学(ChIP-seq,ATAC-seq)技术分享
2)利用在线数据库完成表达谱数据深入挖掘
a. GEO,DAVID数据库得到显著差异基因及富集通路;
b. TCGA了解关注基因对癌症生存率的影响;
c. cistromeDB,UCSC,Fantom5了解关注基因上游转录因子或增强子情况。
3)DNA测序数据分析教程
a.DNA测序数据特点和分类
b.QC
c.剩下的比对+鉴别
d.突变位点分析和功能鉴别
4) 癌症DNA测序课题设计思路和要点
a.癌症驱动基因鉴别和局限;
b.分析分型和巨响
c.结合临床数据分析和潜在难点,案例简介
d.药物靶点鉴定,结合PDX老鼠以及CCLE数据和潜在困难和解决方案。
5) TCGA数据检索,cbioportal和firebrowser数据运用
6)CRISPR数据原理和应用以及课题设计
7)CRISPR数据分析
a.QC要点
b.分析
8)临床数据设计和分析
a.alpha定义和beta定义,双盲
b.primary outcome & secondary outcomes
c.样本量估计 d.以往分析过程中遇到的问题,包括多中心的qc问题,和alpha的选择
9)分析方法,ITT原则等,结合数据特征来运用合适的统计方法,结合简单的案例
10) 临床数据文章的结构 表1 表2表3 和图1 或者图2
11) 基于表达谱数据的药物重定位
12) ConnectivityMap数据库使用与结果解读
13) 不同的药物重定位方法简介
14) 实例讲解
基于RNA-Seq数据进行药物重定位
15) 实用生物医学相关数据库简介。
a. 常用生物医学数据库简介
b. 其在具体的药物筛选中的实际应用

课程费用:3000元/人



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