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[WGBS] 甲基化分析-求助帖

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发表于 2017-3-28 11:43:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在分析甲基化数据,已经进行了Bismark的map,和extract,但是在使用methylKit分析随后,首先使用methylKit读了Bismark生成的sam文件,然后做了methylation level图,发现和公司已经给的图结果不太一样,想问一下,公司给做的这个图是怎么做出来的?同时methylKit,作图的时候,好像可以控制的参数比较少。想问一下,小提琴图怎么做?

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发表于 2017-3-28 16:17:59 | 显示全部楼层
采用vioplot()或者ggplot2R包,你去搜下就好
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 楼主| 发表于 2017-3-29 17:37:24 | 显示全部楼层
Alex 发表于 2017-3-28 16:17
采用vioplot()或者ggplot2R包,你去搜下就好

兄台可否是做甲基化的,关键我不知道做vioplot()作图,用哪些数据集呢
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发表于 2017-3-29 23:01:54 | 显示全部楼层
我不做甲基化,我只画图
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