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[其他] DESeq2包做RNA-seq差异表达分析

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发表于 2017-3-28 16:58:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
用DESeq2包做RNA-seq差异分析,构建dds()时,出现如下提示:
> dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countMatrix,DataFrame(cond),~cond)
Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) :
   some values in assay are negative
望各位解答,在此先谢过!
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发表于 2017-3-28 17:19:27 | 显示全部楼层
你可以把前后代码都贴一下,单单看dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countMatrix,DataFrame(cond),~cond)是没啥错
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发表于 2017-3-29 08:55:11 | 显示全部楼层
解决了说一声哈,我学学~~
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 楼主| 发表于 2017-4-7 09:41:56 | 显示全部楼层
AML_file1 <- read.csv("AML.csv",head=TRUE,sep=",")
head(AML_file1[,1:5])
      gene_id        Tumor      Tumor.1     Tumor.2    Tumor.3     
1     gene1           0              0                 0               0
2     gene2           0              0                 0               0
3     gene3           0              0                 0               0
4     gene4           0              0                 0               0
5     gene5           0              0                 0               0
6     gene6           0              0                 0               0
AML_matrix <-   as.matrix(AML_file1)
head(AML_matrix)
         gene_id       Tumor     Tumor.1      Tumor.2     Tumor.3
[1,]  "gene1"          "0“        "0"            "0"            "0"
[,2]  "gene2"          "0"        "0"            "0"            "0"
[,3]  "gene3"          "0"        "0"            "0"            "0"

>SampleNames <- sub("(^Tumor\\[0-9]$)","\\",colnames(AML_matrix))
> SampleNames <- sub("(^Normal\\[0-9]$)","\\",colnames(AML_matrix))
> cond <- factor(SampleNames,level=c("Tumor","Normal"))
> dds <- DESeqDataSetFromMatrix(AML_matrix,DataFrame(cond),design=~cond)
Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) :
   some values in assay are negative
以上是代码块
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