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[alignment] 如何从sam文件中剔除比对多次的同一条reads

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发表于 2017-3-30 10:53:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
在使用bowtie2进行序列比对时,需要将产生的sam文件中剔除那些比对多次的reads,该如何实现?bowtie2中没有找到相关的参数。自己写的脚本运行起来太慢,有没有大神处理过类似的问题,可以分享一下如何才能较快地提取吗?

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发表于 2017-3-30 11:27:20 | 显示全部楼层
你先查看一下bowtie2输出的sam文件里面的flag,看看每个flag都是什么意义,哪一个flag代表着multiple mapping呢?
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-3-30 13:35:27 | 显示全部楼层
Bowtie 2 是不存在这样的参数的
如果是PE ,首先想是不是aligned concordantly 这个对应的flag是0x2
其次,是不是唯一比对。如果有多个比对,在sam文件中会出现XS的注释
所以处理方法
samtools view -hf 0x2 alignments.bam | grep -v "XS:i:"
需要注意的是如果一端是unique, 另一端是multi,那个uniq的reads也会过滤掉.




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