如何从sam文件中剔除比对多次的同一条reads

php_duck

在使用bowtie2进行序列比对时，需要将产生的sam文件中剔除那些比对多次的reads，该如何实现？bowtie2中没有找到相关的参数。自己写的脚本运行起来太慢，有没有大神处理过类似的问题，可以分享一下如何才能较快地提取吗？

Jimmy

你先查看一下bowtie2输出的sam文件里面的flag，看看每个flag都是什么意义，哪一个flag代表着multiple mapping呢？

zt1989

Bowtie 2 是不存在这样的参数的
如果是PE ,首先想是不是aligned concordantly 这个对应的flag是0x2
其次，是不是唯一比对。如果有多个比对，在sam文件中会出现XS的注释
所以处理方法
samtools view -hf 0x2 alignments.bam | grep -v "XS:i:"
需要注意的是如果一端是unique, 另一端是multi，那个uniq的reads也会过滤掉.