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[CHIP-seq] 甲基化数据-求助贴

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发表于 2017-3-30 17:25:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 sunshine-girl 于 2017-3-31 20:08 编辑

谁知道人和拟南芥的甲基化数据的位置结果在哪可以下载到??类似这种结果格式的:

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发表于 2017-6-5 22:57:39 | 显示全部楼层
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发表于 2017-6-6 16:20:17 | 显示全部楼层
不是很明白你想要什么,甲基化跟参考基因组不一样,没有统一的一个水平,不同的人、组织、细胞都不同,如果只是单纯的想找一个这样的甲基化文件,可以去ENCODE上下载一个。
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发表于 2017-8-7 16:05:18 | 显示全部楼层
旭日早升 发表于 2017-6-6 16:20
不是很明白你想要什么,甲基化跟参考基因组不一样,没有统一的一个水平,不同的人、组织、细胞都不同,如果 ...

版主你好,想问一下,具体单个位点的DNA甲基化是怎么算的呀?就是我已经拿到了scaffold1       3       -       0       0       CHH     CTA
scaffold1       5       -       0       1       CHH     CTC
scaffold1       7       -       0       2       CHH     CTC
scaffold1       11      +       0       0       CHH     CAA
scaffold1       15      -       0       2       CHH     CTT
scaffold1       19      +       0       0       CHH     CAT
scaffold1       23      -       0       2       CHH     CAA
scaffold1       26      -       0       0       CHH     CAA
scaffold1       32      +       0       2       CHH     CAT
scaffold1       36      -       0       2       CHH     CAA
这样的结果了,我想算出来这个位点,是不是甲基化了?该用哪些数据算呢?
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发表于 2017-8-16 12:03:30 | 显示全部楼层
zyworship 发表于 2017-8-7 16:05
版主你好,想问一下,具体单个位点的DNA甲基化是怎么算的呀?就是我已经拿到了scaffold1       3       - ...

如果我没有猜错的话,第二列应该是染色体位置,第4列和第5列分别代表该位点甲基化和非甲基化的数目,一般需要先做过滤,就是用甲基化和非甲基化数目之和做一个cutoff,然后计算水平就是用甲基化除以甲基化和非甲基化之和。
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发表于 2017-12-9 22:07:34 | 显示全部楼层
bismark自己去产生哇,或者文章的GEO数据后面去下载matrix.
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