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轻松预测IncRNA的靶基因

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发表于 2017-3-30 18:47:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
在lncRNA研究中,lncRNA的靶基因确定是最难的一个步骤,因此如果有办法预测lncRNA的靶基因,会大大减少我们的工作量~
当然,有好多方法,这里只说【根据lncRNA结合的核酸序列来预测靶基因】。

1.lncRNA-microRNA-mRNA

microRNA对mRNA靶基因预测的方式可以反过来用于lncRNA靶基因预测,这里适用的模式就是lncRNA作为microRNA sponge吸附microRNA,或者进一步通过ceRNA的作用机制调控靶基因,原理都是microRNA与lncRNA和mRNA的序列结合,这种方式也是现在预测靶基因用的最多的,现有的网站有starbase(http://starbase.sysu.edu.cn/

2.lncRNA-mRNA
在上面这种模式里,lncRNA 对靶基因mRNA的调控是通过microRNA来介导的,当然lncRNA与mRNA之间的直接互补也能帮我们预测靶基因,这种模式我们以前说过,比较常见的是反义lncRNA(Antisense lncRNA)通过与mRNA结合形成RNA二聚体,保护mRNA使之更难被RNA酶降解。因此这种模式来预测靶基因的原理是预测lncRNA序列与mRNA序列结合的自由能,自由能越小,越容易结合。这种模式的在线工具有lncRNATargets (http://www.herbbol.org:8001/lrt/

C、lncRNA-DNA
lncRNA通过结合单链DNA发挥调控作用的,因此,基于同样的原理,理论上我们也可以进行预测,这种预测工具lncRNATargets同样可实现。



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发表于 2017-3-31 10:10:20 | 显示全部楼层
还有一种方法就是找出和LNCRNA的共表达基因来预测其可能你的靶基因,但是这都只是预测,经过实验验证后其可靠性不高。经典的实验方法如下:RNA-pulldown拉下蛋白,质谱分析,WB验证,RIP实验反向验证!
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发表于 2017-3-30 19:45:36 | 显示全部楼层
学习了!!!正好要用
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发表于 2017-3-30 21:14:22 | 显示全部楼层
做lncRNA挺有用的,lncRNA究竟如何发挥作用,如何调控gene,都是非常关键的问天。
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发表于 2017-3-31 09:05:53 | 显示全部楼层
仔细看了一下,排版有些问题。。希望把内容完善下哈,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-3-31 13:44:50 | 显示全部楼层
本帖最后由 Noor 于 2017-3-31 14:01 编辑
galen.cheng 发表于 2017-3-31 09:05
仔细看了一下,排版有些问题。。希望把内容完善下哈,谢谢
还可以【根据蛋白的结合特性来预测】

lncRNA核酸与核酸结合依据的是碱基配对原理,同样某些蛋白与核酸的结合也有一定规律,比如RNA结合蛋白,因此,我们可以依据这些规律预测lncRNA的结合蛋白,现有的工具包括RBPDB、RNAcommender(http://rnacommender.disi.unitn.it/)等。



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发表于 2017-3-31 15:54:21 | 显示全部楼层
Noor 发表于 2017-3-31 13:44
还可以【根据蛋白的结合特性来预测】

lncRNA核酸与核酸结合依据的是碱基配对原理,同样某些蛋白与核酸的结 ...

你好,预测结合蛋白的最终科研目的是什么呢?
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 楼主| 发表于 2017-3-31 20:07:32 | 显示全部楼层
galen.cheng 发表于 2017-3-31 15:54
你好,预测结合蛋白的最终科研目的是什么呢?

分享一篇Cell Death and Disease(IF 5.3)的paper
【Epstein-Barr virus-encoded miR-BART6-3p inhibits cancer cell metastasis and invasion by targeting long non-coding RNA LOC553103】
总体思路就是:筛miRNA,验证功能,找作用lncRNA以及靶蛋白,验证lncRNA功能。
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发表于 2017-4-1 09:16:25 | 显示全部楼层
Noor 发表于 2017-3-31 20:07
分享一篇Cell Death and Disease(IF 5.3)的paper
【Epstein-Barr virus-encoded miR-BART6-3p inhibits ...

ok,感谢~
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发表于 2017-4-15 16:43:37 | 显示全部楼层
Noor 发表于 2017-3-31 13:44
还可以【根据蛋白的结合特性来预测】

lncRNA核酸与核酸结合依据的是碱基配对原理,同样某些蛋白与核酸的结 ...

这个帖子可以成为很好的帖子!
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