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lncRNA的cis作用靶基因预测实现【求助】

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发表于 2017-4-1 11:14:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
背景:
cis作用靶基因预测基本原理认为lncRNA的功能与其坐标临近的蛋白编码基因相关,于是将lncRNA临近位置的(上下游10k\100k)蛋白编码基因筛选出来作为其靶基因。后续再通过靶基因功能富集分析预测lncRNA的主要功能。

求问:
我有了已有编码基因的染色体坐标信息,也有lncRNA的转录本坐标信息,要找出其对应的“上下游10k\100k”的蛋白编码基因应该怎么实现了?目前我想到的是读取每个lncRNA的上下游坐标信息,然后遍历基因信息输出,这样的话运算量有点大,循环太多遍了。感觉算法不太好。
有没有高手指点一二!?感激不尽!



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发表于 2017-4-1 13:41:47 | 显示全部楼层
这个最快捷的方法是用bedtools这个工具
将基因和lncRNA的位置储存在bed格式
bedtool里有个closedBed子程序可以找到最近的基因
使用windowBed可以找上下游特定距离的程序
希望对你有帮助
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 楼主| 发表于 2017-4-1 14:33:38 | 显示全部楼层
zt1989 发表于 2017-4-1 13:41
这个最快捷的方法是用bedtools这个工具
将基因和lncRNA的位置储存在bed格式
bedtool里有个closedBed子程序 ...

好的,谢谢你,我之前也想到bedtools应该可以,但是没尝试过,我再看看。
关于写脚本实现的话,有没有什么好建议呢?
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