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用RSAT网页版工具在线寻找motif

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发表于 2017-4-3 09:43:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
motif就是一堆序列的共性,那么首先要拿到一堆序列,一般是top500左右的peaks的region的fasta序列。
直接上传到网页:http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/rsat/peak-motifs_form.cgi? 即可
其实这个工具是一个复杂套装工具的一部分而已。http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/rsat/RSAT_home.cgi

当然也有本地版本,安装软件即可:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
RSAT/perl-scripts/peak-motifs  -v 1 -r_plot -title 'E2F1'  -i $RSAT/public_html/tmp/www-data/2017/04/03/peak-motifs.2017-04-03.034057_2017-04-03.034057_tkkb9a/peak-motifspeak_seq  -max_seq_len 1000 -markov auto -disco oligos,positions -nmotifs 5  -minol 6 -maxol 7  -no_merge_lengths -2str  -origin center  -motif_db jaspar_core_nonredundant_vertebrates tf $RSAT/public_html/motif_databases/JASPAR/Jaspar_2016/jaspar_core_nonredundant_vertebrates_2016.tf -scan_markov 1 -task purge,seqlen,composition,disco,merge_motifs,split_motifs,motifs_vs_motifs,timelog,archive,synthesis,small_summary,motifs_vs_db,scan -prefix peak-motifs -noov -img_format png  -outdir $RSAT/public_html/tmp/www-data/2017/04/03/peak-motifs.2017-04-03.034057_2017-04-03.034057_tkkb9a
 



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