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使用MEM数据库来做长链非编码RNA的靶基因预测

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发表于 2017-4-3 16:08:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
再不来振兴我这个版块,就没有脸面对群主了,说实话如果只是想借助生物信息学去挖掘小课题以及指明研究方向,又不想话时间学习编程那一套,
使用别人的数据库就是一个好方法,
所谓君子性非异也,善假于物也。

关于长链非编码RNA靶基因的寻找,
如果用实验就是
RNA pulldown 加质谱加WB,这是目前最可靠的方法
如果是预测
一般有以下几种方法,
根据结合位点来预测,论坛里面这个帖子已经介绍了
http://www.biotrainee.com/thread-1281-1-1.html

还有一种就是根据基因组的位置来预测,这个需要写程序
今天讲的方法是MEM
http://biit.cs.ut.ee/mem/
思路就是,人们已经做过无数次基因芯片了,
那么把这些芯片整合起来,那些在多个芯片结果中同升同降的基因可能就会有相互作用


使用起来也很简单,直接输入基因名就可以了,默认输出最相关的50个基因
当然对于编码基因肯定不在话下
我使用他主要是为研究的长链非编码RNA在其他数据库里面都没有,这已经够厉害了。
假设你研究的RNA在多个数据库中都可以找到靶基因,可以去个交集
再使用
http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/
预测一下你的RNA和蛋白结合的能力
再下面就可以用RNA pulldown来验证,再加上RIP反向验证就更加完美了
说一句
我不赞成寻找LnCRNA和miRNA结合这样思路,虽然很流行,但是并不可靠
起作用的最终是蛋白,蛋白,其他的都是调控。

你还有什么好方法,都可以写在下面,我整理后发表一篇手把手操作流程。



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