搜索
查看: 2361|回复: 1

FACETS统计外显子数据的拷贝数变异情况

[复制链接]

6

主题

23

帖子

201

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
201
发表于 2017-4-5 16:20:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 qin_qinyang 于 2017-4-5 16:25 编辑

下载软件:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
git clone [url=https://github.com/mskcc/facets.git]https://github.com/mskcc/facets.git[/url]

首先安装snp-indel:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
cd inst/extcode
g++ -std=c++11 snp-pileup.cpp -lhts -o snp-pileup
cp snp-pileup /usr/local/bin
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
wget [url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/organisms/human_9606/VCF/00-common_all.vcf.gz]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/o ... 0-common_all.vcf.gz[/url]
snp-pileup 00-common_all.vcf.gz test_data.gz normalA.bam tumorA.bam

安装完成。但是要首先安装了HTSlib库,不过一般安装过samtools的都有安装,但是要设置好环境变量。
然后在R里面运行:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
library(facets)
datafile = system.file("extdata", "stomach.csv.gz", package="facets")
#可以用自己的数据test_data.gz
head(read.csv(datafile)[,c(1:2,5:12)])
#  Chromosome Position File1R File1A File1E File1D File2R File2A File2E File2D
#1          1    69424    170    117      0      0    158    103      0      0
#2          1    69515      0     76      0      0      0     77      0      0
#3          1    69536    103      0      0      0     99      0      0      0
#4          1   808866     96      0      0      0    133      0      0      0
#5          1   809120     66      0      0      0    105      0      0      0
#6          1   809176     79      0      0      0    126      0      0      0
rcmat = readSnpMatrix(datafile)
#xx = preProcSample(rcmat)
xx = preProcSample(rcmat,ndepth=5,cval=15)
#oo=procSample(xx,cval=150)
oo=procSample(xx,cval=15)
fit=emcncf(oo)
head(fit$cncf)
fit$purity
[1] 0.894925
plotSample(x=oo,emfit=fit)






本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x



上一篇:shiny的DT包控制表格以下拉滚动条形式显示数据
下一篇:当出现figure margins too large解决办法
回复

使用道具 举报

634

主题

1182

帖子

4030

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
4030
发表于 2017-4-5 16:46:20 | 显示全部楼层
我会用一下,这个很赞~~~
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
回复 支持 1 反对 0

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-10-19 01:18 , Processed in 0.040163 second(s), 33 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.