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[basic] 读取affymetix的基因表达芯片数据-CEL格式

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发表于 2017-4-6 21:45:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
Affy包(1)一般是hgu 95系列和133系列 来源(http://www.bio-info-trainee.com/1580.html
oligo包(1)处理[HuGene-1_1-st]Affymetrix Human Gene 1.1 ST Array这个平台affy包处理不了的     来源(http://www.bio-info-trainee.com/1586.html)
只有读取-CEL格式数据,处理成表达矩阵
之后就是rma前处理,获取表达矩阵,这个步骤一样。
具体的实例大神给了在网站中。

最近在看高山等人的《R语言与Bioconductor》和菜鸟团qq群的《想学bioconductor就打印这本书》(英文版),很好的数,推荐

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发表于 2017-4-7 08:50:25 | 显示全部楼层
顶一个。
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发表于 2017-4-7 08:52:56 | 显示全部楼层
求分享前面一本
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 楼主| 发表于 2017-4-7 09:41:56 | 显示全部楼层
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 楼主| 发表于 2017-4-7 09:42:40 | 显示全部楼层

错了,在生信菜鸟团的qq群里面有的哦
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发表于 2017-4-7 15:58:32 | 显示全部楼层
OK找到了,你的名字写的不对
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发表于 2017-5-1 17:19:42 | 显示全部楼层
求助各位大神,我用affy分析数据,下载了一个affyPLM,但是‘hgu133plus2cdf这个包一直安装不了,请大家指点指点!
installing the source package ‘hgu133plus2cdf’

试开URL’http://bioconductor.org/packages ... s2cdf_2.18.0.tar.gz
Content type 'application/x-gzip' length 4353300 bytes (4.2 MB)
downloaded 12 KB

Error in setwd(exdir) : 无法改变工作目录

The downloaded source packages are in
        ‘C:\Users\zz\AppData\Local\Temp\RtmpGCguAD\downloaded_packages’
Error in getCdfInfo(object) :
  Could not obtain CDF environment, problems encountered:
Specified environment does not contain HG-U133_Plus_2
Library - package hgu133plus2cdf not installed
Library - package hgu133plus2cdf not installed
此外: Warning messages:
1: In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  downloaded length 12288 != reported length 4353300
2: 运行命令'"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "d:\Documents\R\win-library\3.3" C:\Users\zz\AppData\Local\Temp\RtmpGCguAD/downloaded_packages/hgu133plus2cdf_2.18.0.tar.gz'的状态是1
3: In install.packages(cdfname, lib = lib, repos = biocinstallRepos(),  :
  installation of package ‘hgu133plus2cdf’ had non-zero exit status
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 楼主| 发表于 2017-5-1 19:12:05 | 显示全部楼层
点点爱美丽168 发表于 2017-5-1 17:19
求助各位大神,我用affy分析数据,下载了一个affyPLM,但是‘hgu133plus2cdf这个包一直安装不了,请大家指点 ...

路径不对啊,你的下载的文件夹是lib么?你看看安装她是不是需要别的依赖包先安装好
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发表于 2017-5-1 20:00:53 | 显示全部楼层
所需依赖包也加载了,现在就差这个包了,真正愁死了
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 楼主| 发表于 2017-5-1 21:44:13 | 显示全部楼层
点点爱美丽168 发表于 2017-5-1 20:00
所需依赖包也加载了,现在就差这个包了,真正愁死了

其他包安装都没问题么
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