搜索
查看: 2192|回复: 0

[mRNA-seq] DEXSeq使用说明(3/3)

[复制链接]

11

主题

54

帖子

242

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
242
QQ
发表于 2017-4-7 15:01:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 惠真-市二医院 于 2017-4-7 15:04 编辑

DEXSeq使用说明(3/3)

其他实验条件设计:
这里只是介绍了最简单exon usage差异表达分析,假如实验方案复杂,那么可以在samplData中添加额外的列信息,然后在在design中加入新的设计条件。本实验中采用了单端和双端不同的测序类型,这可能会影响exon的技术,那么我们在sampleData中加入了libType因子,作为区组因子:

那么,在这两个模型公式中,任何由于文库类型不同而导致的exon usage将会被任一模型公式区分来,同时似然比检测只会在不依赖样本类型的条件下,对不同条件(condition)下的exon usage的差异性进行检测,从而对这两个模型公式进行比较!
那么在接下来的extimateDispersionstestForDEU步骤中,使用参数注明使用的formula情况。


该流程分析出的显著性差异数目明显高于前面的分析出的显著性差异数,这也证实了细化分组可以提高检测能力,因为综合到一起会产生抵消作用。
另外,这个如果需要查看相对exon usage的倍数改变,就可以选择相应的条件:
fitExpToVar=conditon”或fitExpToVar=”libType”

可视化:
这里就很简单了,使用函数plotDEXSeq来实现,单个基因的exon usage差异图如下:


这里可以根据需要自行添加参数来选择表达信息。
最后说明下,文中的大型机截屏数据是本人的分析结果,不能代表正确的结果,请忽略,还有文中很多的统计知识解释都是本人理解,也不能代表正确解释,仅供参考




上一篇:DEXSeq使用说明(2/3)
下一篇:IRanges说明(1/3)
苛求远离完美
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-8-23 07:22 , Processed in 0.045153 second(s), 29 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.