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[mRNA-seq] IRanges说明(3/3)

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发表于 2017-4-7 15:15:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 惠真-市二医院 于 2017-4-7 19:10 编辑

IRanges说明(3/3)
Marking ranges disjoint
函数disjoin通过寻找对象中所有末端的集合,将对象分隔开。返回结果包含了每个最大长度的区间的范围,这里定义的重叠至少要求相同的范围大小为1
函数disjointBins分隔对象成一个个分开的范围。将分开的范围按值大小排序,对于有重叠的范围,较小的范围值先被索引。该函数返回的向量值对应表示被分隔对象(ir)中各个范围的索引。如下图中disjointBinsir)为1212311,那么表示ir中的第一个范围和第二个范围有重叠,那么第一个范围索引为1,第二个为了和第一区别,第二个范围索引为2;而ir中的第三个范围和第二个范围没有重叠,所以它的索引又从1开始,接着第四个范围和第三个范围有重叠,为了区分第三个第四个范围,那第四个范围索引为2,我们发现第五个范围和第三、四个范围都有重叠,那么它被索引为3,依次类推,完成所有索引。通过disjointBins返回值可以直接看到对象各个范围之间的重叠情况!


Set Operations
函数gaps会返回落入指定范围内(正态化后的区间)的区间:


Vector Views
序列中的每一个范围都将被看做是一个view,那么可以在Views函数中设置参数,查看我们要的范围:


同样slice函数也可用于Rle对象的查看:

这里可以看到Views函数是基于每个值的排序索引来查看,而slice是根据每个值的大小范围查看。

Aggregating Views
接着我们可以使用相应函数对Viewsslice函数输出的结果进行类似sapply的折叠:


PlotRanges
使用函数plotRanges展示范围图:



在范围图上添加覆盖度:







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