搜索
查看: 1517|回复: 3

ggplot2火山图

[复制链接]

11

主题

14

帖子

162

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
162
发表于 2017-4-13 15:20:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 polya 于 2017-4-13 15:22 编辑

ggplot2火山图 与ggrepel
功能:是用来展示组间差异数据的图像
本质:是一种特殊的散点图
应用:能够快速的辨别出大型数据集重复变量之间的差异
组成:Y轴以p-value 为主进行转换X轴以 log2Fold Change 为主进行转换

ggrepel 这个包是挺有意的一个包,可以优化显示的的label

[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
# Clear workspace
rm(list = ls())
# Load packages
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggrepel)
# Read data from the local
path<-setwd("D:/Test/R/R_paint")
results = read.table("volcano_test.txt", header=TRUE)
results = mutate(results, sig=ifelse(results$padj<0.05, "p_value<0.05", "Not sig"))
png("volcano.png",width=600,height=800)
p = ggplot(results, aes(log2FoldChange, -log10(pvalue))) +
  geom_point(aes(col=sig)) +
  scale_color_manual(values=c("blue", "red"))+
  labs(title = "volcano plot")+
  theme(plot.title = element_text(size = 16, hjust = 0.5, face = "bold"))
p
#p+geom_text(data=filter(results, padj<0.05), aes(label=Gene))
p+geom_text_repel(data=filter(results, padj<0.05), aes(label=Gene))
dev.off()



参考:https://www.r-bloggers.com/repel-overlapping-text-labels-in-ggplot2/https://github.com/slowkow/ggrepel/blob/master/vignettes/ggrepel.mdhttps://en.wikipedia.org/wiki/Volcano_plot_(statistics)<R Graphics Cookbook>Winston Chang<ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis>Hadley Wickhamhttp://docs.ggplot2.org/current/




本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x



上一篇:blast 结果文件 相似性 数值化
下一篇:求助:Delly 做Somatic SV calling 的时候数据输出不完整。
回复

使用道具 举报

1

主题

36

帖子

408

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
408
发表于 2017-10-23 15:16:02 | 显示全部楼层
给的代码标签名字没改。。
回复 支持 反对

使用道具 举报

1

主题

36

帖子

408

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
408
发表于 2018-1-10 16:56:31 | 显示全部楼层
请问一下,你给的这个数据有点理想了,所以分布的很好看,但是我分析的数据,纵坐标达到七八十以上,这样下面pval大于0.05的就被挤压在很小的区域内,让人觉得非差异基因很多,造成误解
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

13

帖子

137

积分

注册会员

Rank: 2

积分
137
QQ
发表于 2018-1-11 20:03:01 | 显示全部楼层
我的竟然只是一张白图...
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2018-1-24 11:56 , Processed in 0.122036 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.