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[variation-calling] 求助:Delly 做Somatic SV calling 的时候数据输出不完整。

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发表于 2017-4-13 17:02:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在研究Somatic SV calling,看到我的基因组直播用Delly来call SV ,所以跟着试着做一下。
然后试着自己做的时候发现输出的数据有问题,输出的数据只有头文件。
运行的过程中没有报错。
请问这种问题是出在哪里,应该怎么解决?


本人生信小白一枚,求各位大神解疑,谢谢!!

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 楼主| 发表于 2017-4-13 18:05:52 | 显示全部楼层
我输入的是samtools sort后的bam文件,然后用samtools index做的索引。
samtools sort后的bam文件 能继续用VarScan2来call SNP,但是就是不能在delly正常输出,
换了好几个样本都是同样的问题。
求各位大大们帮忙一下,谢谢!!
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发表于 2017-4-13 23:16:32 | 显示全部楼层
你不贴一下你的命令吗?
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-4-14 08:38:32 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-4-13 23:16
你不贴一下你的命令吗?

是否是我的输入文件有误?谢谢!

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 楼主| 发表于 2017-4-14 09:57:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 Joyce 于 2017-4-14 13:47 编辑
Joyce 发表于 2017-4-14 08:38
是否是我的输入文件有误?谢谢!

后来我修改了一点点,加入了gdna的sort.bam文件作为对照,但是运行的结果还是只是输出了头文件,看来问题也不是出在这里。运行过程中每一步都完成了,没有出现报错。
卡了好长时间了,现在还想不到问题是出在了哪里,麻烦大家帮我看看。

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发表于 2017-4-15 21:29:01 | 显示全部楼层
Joyce 发表于 2017-4-14 08:38
是否是我的输入文件有误?谢谢!

我运行是有结果的,如果你完全参照我的代码,应该是不会有问题的。你有测试过其它数据吗?
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-4-15 22:08:52 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-4-15 21:29
我运行是有结果的,如果你完全参照我的代码,应该是不会有问题的。你有测试过其它数据吗? ...

有换过其他样本的数据测试,但可能是所有样本的数据都是跑的一样的somatic流程,所以结果都是一样,后面的分析数据都没有出来。
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 楼主| 发表于 2017-4-17 18:25:00 | 显示全部楼层
解决了,换了个服务器就能正常运行了,可能是原来的服务器环境没有搭好。
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发表于 2017-12-15 12:48:18 | 显示全部楼层
楼主的问题和我的一模一样,输出文件也只有文件头,内容没有。换了delly版本做,内容有了,但是bcftools view 转化 结果乱码,都不知道该怎么办了

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发表于 2017-12-15 12:53:01 | 显示全部楼层
Joyce 发表于 2017-4-14 08:38
是否是我的输入文件有误?谢谢!

你好,human.hg19.exel.tsv的文件内容是什么哦,寻找SV这个文件是必须的嘛?
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