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TCGA中miRNA数据的提取

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发表于 2017-4-14 10:27:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教群主和各位大神,我从firehose下载了miRNA的数据,打开后看到数据格式如下:
我看了其他的一些资料,知道了使用read_count,或read_per_million数据都可以分析,

但是我不知道如何提取read_count,或read_per_million数据,
所以恳请群主和各位大神告诉我:
使用R提取read_count,或read_per_million数据的命令,
非常感谢!!

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发表于 2017-4-14 12:41:06 | 显示全部楼层
直接用excel不行?
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 楼主| 发表于 2017-4-14 21:14:06 | 显示全部楼层

为什么要用excel?我学习R的想法就是能用命令就尽量用命令来解决,这样才能提高自己水平
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发表于 2017-4-17 21:25:42 | 显示全部楼层
看你这个数据应该是每隔两列出现一个 read_count,如果要用这个数据的话,直接提取这些列(假设原始数据为raw_data):
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
keep <- seq(2, ncol(raw_data),3)
count_data <- cbind(count_data[,1],count_data[,keep])
count_data <- count_data[-2,]
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 楼主| 发表于 2017-4-18 17:04:13 | 显示全部楼层
尚目目 发表于 2017-4-17 21:25
看你这个数据应该是每隔两列出现一个 read_count,如果要用这个数据的话,直接提取这些列(假设原始数据为ra ...

收到,非常感谢!
我原来还不抱希望有人会回帖的,真的感谢!
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发表于 2017-9-11 11:46:28 | 显示全部楼层
gxhubl 发表于 2017-4-18 17:04
收到,非常感谢!
我原来还不抱希望有人会回帖的,真的感谢!

上面的代码您用了么,管用不?我也需要学习提取数据,谢谢!
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 楼主| 发表于 2017-9-11 17:30:01 | 显示全部楼层
cneagle66 发表于 2017-9-11 11:46
上面的代码您用了么,管用不?我也需要学习提取数据,谢谢!

可以,这个代码可以提取想要的那些列
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