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ggplot2热图

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发表于 2017-4-16 22:49:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 polya 于 2017-4-16 22:49 编辑

ggplot2热图:
功能:使用颜色渐变方块,用于展示2维矩阵的数据集。
组成:x轴样本名称,y轴样本数目
应用:基因表达量的变化,样本数据集差异。
实现方式:
ggplot2
专用的绘图包,更灵活实现
pheatmap
heatmap2
heatmap3

[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
rm(list=ls())
library(ggplot2)
library(reshape)
test <- as.data.frame(matrix(rnorm(2000), nrow=100, ncol=20))
colnames(test) = paste("miRNA", 1:20, sep = "")
test$miRNA = paste("TPM", 1:10, sep = "")

#Get the sorting right
test$sort <- 1:10

#Melting data so we can plot it with GGplot
test.m <- melt(test,id.vars = c("miRNA","sort"))
test.m
#Resetting factors
test.m$miRNA <- factor(test.m$miRNA, levels=(test.m$miRNA)[order(test.m$sort)])

#Creating the plot itself
plot <- ggplot(test.m,aes(variable,miRNA)) + geom_tile(aes(fill=value),color = "white") +
  #Creating legend
  guides(fill=guide_colorbar("TPM")) +
  #Creating color range
  scale_fill_gradientn(colors=c("skyblue","yellow","tomato"),guide="colorbar") +
  #Rotating labels
  labs(x="miRNA sample",y="TPM Index",title= "heatmap")+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 270, hjust = 0,vjust=-0.05))+
  theme(plot.title=element_text(size=16,colour="black", hjust=0.5))+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=90, size=9))
plot
ggsave("heatmap1.png", bg="#f8f8f8")


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